Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_08/term2/task5_09.html
Дата изменения: Fri Mar 27 11:38:06 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:26:28 2012 Кодировка: Windows-1251 |
seqret sw:p00000 -autoподставив вместо "p00000" код доступа своего белка в банке Swiss-Prot. После этого выполните команду "ls" и убедитесь, что в директории появился новый файл. Выполните команду "more X", подставив вместо X имя нового файла. Что вы увидели?
entret sw:p00000 -auto(аналогично заменив "p00000"). Выполните команду "ls" и убедитесь, что в директории появился новый файл. Выполните команду "more X", подставив вместо X имя нового файла. Что вы увидели? Нажмите несколько раз клавишу <Enter> , затем клавишу "пробел". Что содержит новый файл?
Постройте полное оптимальное выравнивание двух белков вашего и родственного. Для этого выполните команду:
needle x.fasta y.fasta z.needle -autoгде вместо x.fasta и y.fasta должны стоять имена файлов с последовательностями белков, вместо z.needle какое-нибудь новое имя файла (желательно окончание .needle). Файл с этим именем должен появиться в соответствующей директории диска H. Просмотрите его содержимое и опишите в протоколе, какого рода информацию содержит этот файл.
Задание штрафов за гэпы, отличных от заданных по умолчанию. Повторите предыдущую команду (можно воспользоваться клавишей "стрелка вверх"), но измените имя выходного файла и опустите опцию "-auto". Программа спросит Вас о значениях параметров. Дайте параметрам вдвое большие значения, чем заданные по умолчанию (сообщаются в квадратных скобках). Изменилось ли выравнивание из-за изменения параметров?
Получение выдачи в формате, пригодном для импорта в GeneDoc.
Запустите программу needle (см. выше), добавив опцию
"
команда -helpРезультаты и их обсуждение представить на страничке отчета.