Занятие 6. Классификация функций. Коды ферментов.

Объясните, что значит заданный Вам код фермента (0.5 балла)

На главной странице сайта IUPAC (lNTERNATIONAL UNION OF PURE AND APPLIED CHEMISTRY) выберите раздел, посвященный химической номенклатуре.
В этом разделе щелкните по гиперссылке на страницу совместной комиссии IUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре (JCBN). На открывшейся странице найдите ссылку на номенклатуру ферментов. Описание каждого класса ферментов содержит "Введение", где можно найти почти все, что Вам нужно.

В отчете приведите заданный код и расшифровку каждого его пункта

Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов (3.5 балла)

C помощью SRS по заданному коду найдите в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Запрос внесите в протокол.

Подсказки.
Для упрощения запроса воспользуйтесь тем, что для белков из этих организмов приняты короткие имена, оканчивающиеся на "_Ecoli", "_Human", "_Metja". Это позволит легко отфильтровать разные штаммы Ecoli. Исследуйте только те последовательности, гены которых имеют имена!

Сначала сравните доменную структуру найденных белков, для этого используйте вариант просмотра результата SW_InterProMatches, который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях.
Будем сравнивать только домены Pfam! По полученным данным в протоколе создайте таблицу примерно такого вида:

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Первый домен		Второй домен		Третий домен
				Идентификатор Pfam	Положение в последовательности	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
1
2

Затем оцените сходство последовательностей аминокислот в гомологичных доменах.
Возможны разные подходы:

1. сохраните выбранные последовательности в формате FASTA, определите попарное сходство, используя известные Вам методы; все команды и скрипты, а также выравнивания приведите в отчете;
2. используйте встроенные в SRS программы: в меню Launch analysis tool выберите нужную программу и запустите ее; в этом случае к отчету надо прикреплять страничку с выдачей результата.

Таблицу, отражающую попарное сходство доменов, внесите в протокол. Сделайте выводы из полученных результатов.

---

Если Вы справились с обязательными заданиями, можете попробовать выполнить дополнительные.