Занятие 3

Дополнительные задания

1. Повторите обязательное упражнение 1 задания 3, использовав jackknife вместо bootstrap (опция "-test j" программы fseqboot). Сравните результаты.
    
2. Освойте программу fretree. Она запускается так: если скобочная формула, описывающая дерево с 10 листьями, лежит в файле my.tree, то команда:

   fretree 10 my.tre
   

   приведет к появлению на экране картинки с деревом и предложения ввести какую-нибудь из однобуквенных команд. Подайте на вход программе дерево, реконструированное методом Neighbor-joining. Разберитесь, как посредством fretree укоренить это дерево в среднюю точку, и сделайте это. В отчете кратко опишите свои действия
    
3. Создайте изображение переукорененного дерева из предыдущего упражнения как филограммы (phenogram), ориентированной вправо. Для этого воспользуйтесь программой fdrawgram. В отчете, кроме изображения, приведите список использованных опций программы, с обоснованием их выбора.
    
4. Восстановите методом максимального правдоподобия (программой fdnamlk) предковую последовательность для ваших мутированных последовательностей и сравните ее с реальной предковой последовательностью. В отчете приведите использованные опции программы.