Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~phoenix/term2/practice2.html
Дата изменения: Wed May 31 01:16:44 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 11:35:40 2012
Кодировка: Windows-1251
Протокол практикума ?2

Протокол практикума ?2

Второй семестр На главную
Белок в банках данных Работа с SRS Выравнивание вручную Матрицы замен

1.Группы банков данных.

Банк данных Группа
Swiss-Prot UniProt Universal Protein Resource
EMBL Nucleotide sequence databases
PDB Protein function, structure and interaction databases

2.Таксон гамма-протеобактерии.

Название таксона Gammaproteobacteria
Количество документов в Swiss-Prot 33890

3.Запросы.

Цель Строка запроса Количество найденных документов
Банк:Swiss-Prot. Найти белок ampC_Ecoli по Accession number (AC) [swissprot-AccNumber:P00811*] 1
Банк:Uniprot. Найти белки с функцией, сходной с функцией белка ampC_Ecoli, притом принадлежащие организмам, относящимся к таксону гамма-протеобактерий ([uniprot-Description:ampC*] & [uniprot-Description:Beta-lactamase*]) & [uniprot-Description:precursor*]) | [uniprot-Description:ampC Beta-lactamase precursor*]) & [uniprot-Taxonomy:Gammaproteobacteria*]) 4
Банк: Uniref-100. Найти белки, принадлежащие организмам Yersinia pestis и Vibrio cholerae и выполняющие функцию, сходную с функцией белка ampC_Ecoli ([uniref100-Description:Beta-lactamase*] & [uniref100-Description:precursor*]) | [uniref100-Description:Beta-lactamase precursor*]) & ([uniref100-Organism:Vibrio cholerae*] | [uniref100-Organism:Yersinia pestis*]) 1

4.Описание выборки.

? ID AC Species Taxonomy
1 Q933M6_ENTCL Q933M6 ENTEROBACTER CLOACAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ENTEROBACTER ENTEROBACTER CLOACAE COMPLEX
2 Q933R1_ENTCL Q933R1 ENTEROBACTER CLOACAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ENTEROBACTER ENTEROBACTER CLOACAE COMPLEX
3 Q93CA2_ENTCL Q93CA2 ENTEROBACTER CLOACAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ENTEROBACTER ENTEROBACTER CLOACAE COMPLEX
4 Q9XB24_KLEPN Q9XB24 KLEBSIELLA PNEUMONIAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE KLEBSIELLA
©Виктор Соколов