Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Общее знакомство со структурой GO

1. Термин:
   оксидоредуктазная активность
   Oxidoreductase activity.
2. Идентификатор GO:0016491
3. Количество синонимов - 2;
   a.) narrow: oxidoreductase activity, acting on other substrates
   b.) exact: redox activity
4. Определение оксидоредуктазной активности:
   Катализ обратимой окислительно-восстановительной реакции, в которой происходит изменение степени окисления атома или атомов. Один субстрат играет роль водородного или электронного донора и становится окисленным. Тогда как другие выступают в качестве электронного или водородного акцептора и становятся восстановленными.
5. Количество родителей - 1
   число связей:
   is_a - 1
   part_of - 0.
6. Количество дочерних терминов - 0
   is_a - 0
   part_of - 0
   Онтология GO организована как ориентированный ациклический граф. Это означает, что дочерние термины (более специализированные) могут иметь множество родительских (менее специализированные). Дочерний термин может иметь один из двух типов взаимоотношений с родительским термином: is_a или part_of. Один и тот же термин может иметь разные связи с разными родителями.
   Связь is_a означает, что термин является подклассом родительского термина. То есть является частью более обширного термина. Связь is_a обладает свойством транзитивности.
   Использование связи part_of более сложное. Существует 4 типа взаимоотношений этой связи. Первый тип не позволяет сделать выводы из такого взаимоотношения. Возможно, что родительский термин включает или не включает дочерний, также как дочерний может или не может быть частью родителя. Второй тип (is_part) означает, что если существует дочерний термин, то он обязательно является частью родительского. Существование родительского не обязательно приводит к существованию дочернего. Третий тип (has_part) говорит о том, что если существует родитель, он обязательно включает дочерний термин; напротив существование дочернего термина не гарантирует существование родительского. Четвертый (комбинация 2 и 3) означает, что родительский термин всегда включает дочерний, а дочерний всегда является частью родительского термина. GO обычно использует второй тип (is_part). Первый и третий не используются.
   В данном случае есть только связь is_a. Например, оксидоредуктазная активность является подклассом каталитической активности.

Создание выборок белков с определенными функциями

* Поиск проводился путем ввода Dbxref C:*membrane. Так как точно не определена, какая именно мембранная структура имеется ввиду, поиск был проведен по всем мембранным структурам клетки (эндоплазматическая, вакуоли, мембрана митохондрий и т.д). Звездочка после C:* обеспечивает нахождение таких белков как, например, белок постсинаптической мембраны(C:postsynaptic membrane), который не находится при запросе C:membrane. Для исключения попадании белков не относящихся к мембране (внешнемембранные, внутримембранные белки) был произведен дополнительный поиск. "((([uniprot-Organism:Anopheles*] & [uniprot-Organism:gambiae*]) | [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & (((([uniprot-DBxref_:C:*extrinsic*] | [uniprot-DBxref_:C:*external*]) | [uniprot-DBxref_:C:*inner*]) | [uniprot-DBxref_:C:*intrinsic*]) | [uniprot-DBxref_:C:*outer*]))) ". Для проверки слов external, extrinsic, intrinsic, inner, outer с подозрением этих белков как не принадлежащих мембране. Найдено 59 белков. Рассмотрев другие GO у найденных последовательностей, установлено, что все принадлежат мембране. То есть поиск * можно считать правомерным. ** обладает хорошими доказательствами (IDA и TAS) 2 белка, но все обладают плохими доказательствами (RCA, IEA, IC, ISS, IEP, NAS, ND)

Описание функции белка hmp_ecoli, с использованием ресурсов EcoCyc

• "где?"
  цитоплазматический фермент
• "зачем?"
  Ликвидируется токсичный NO.
• "как?' и "с чем?'
  2 nitric oxide + 2 O₂ + NAD(P)H <=> 2 NO₃^- + NAD(P)+ + H⁺
  NOD реакция проходит в два этапа. Сначала NAD(P)H восстанавливает связанный FAD, который восстанавливает гем. Затем кислород связывается с восстановленным флавогемоглобином, который затем деоксегенирует NO.