Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~kropa8848/term6/practice9/practice9.html
Дата изменения: Mon May 28 05:14:27 2012
Дата индексирования: Sun Feb 3 05:17:45 2013
Кодировка: Windows-1251
Lipid на главную страницу

Занятие 8

1. Визуальный анализ

Сделано 8259000 шагов. Файл с моделированной сборкой бислоя - b_pbc_1.pdb



2. Время образования бислоя, площадь одного липида, гидрофильность и гидрофобность поверхности

Для данных расчетов файлы обработали в Excel файле - bilip.xlsx В приближении начала образования бислоя с 60 модели можно сказать что оно произошло через 29000,00000 фемтосекунд. Площадь занимаемая одним липидом рассчитывается из данных файла - box_1.xvg. Далее берутся значения по осям не являющимся нормалями и эти значения усредняются на 1 липид. Получилось, что площадь равна - 0,737864902 нм.

Изменение гидрофильности и гидрофобности видно на рисунке полученном из файла sas_b.xvg



3. Мера порядка

Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Файлы: ord_start.xvg, ord_start.xvg

Начало траектории характеризуется подвижной мерой порядка, но с заметным возрастанием
Конец траектории характеризуется возрастающей мерой, но порядок значений другой


4. Общие параметры моделирования

	-Силовое поле - ffgmx.
	-Размер и форма ячейки: прямоугольный параллелепипед со сторонами 6.26000, 4.44300 и 5.77800 нм.
Минимизация энергии:
	-Алгоритм минимизации энергии: integrator= l-bfgs
	-Алгоритм расчета электростатики: coulombtype=Cut-off
	-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
	-Модель, которой описывался растворитель: spc.itp
	-Утряска растворителя: 
	-Число шагов: 10000.
	-Длина шага: 0.001 пс.
	-Алгоритм расчета электростатики: coulombtype=pme
	-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
	-Алгоритм термостата: Tcoupl=Berendsen
 	-Алгоритм баростата: Pcoupl=no
Основной расчет МД:
 	-количество процессоров - 16.
	-Длина траектории: 50 нс.
	-Число шагов: 10000000.
	-Длина шага: 0.005 пс.
	-Алгоритм интегратора: md.
	-Алгоритм расчета электростатики:coulombtype= pme
	-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
	-Алгоритм термостата (контроль температуры "Velocity rescale"): Tcoupl=v-rescale
 	-Алгоритм баростата:Pcoupl=Berendsen



©Джумашев