Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~is_rusinov/projects/StrBioinf/PDB.html
Дата изменения: Wed Oct 27 22:38:08 2010
Дата индексирования: Fri Feb 11 08:56:17 2011
Кодировка: Windows-1251
Характеристики PDB-файла. Биологические единицы.

Характеристики PDB-файла. Биологические единицы.


Технические характеристики записи 1J2R банка PDB

Вычисление относительных координат одного из Сα-атомов белка из 1J2R

Для вычисления был взят атом ?3905 (CA атом серина 148 цепи С) с координатами R = (61.635, 31.601, 13.86). Вычисление производилось по формуле:

R` = R * A + B, где А - матрица из поля SCALE, B - вектор сдвига из поля SCALE.

    || 0.007117  0.000000  0.000000 ||
A = || 0.000000  0.009184  0.000000 || , B = (0, 0, 0)
    || 0.000000  0.000000  0.019834 ||

Отсюда R` = (0.439, 0.290, 0.275) - это и есть относительные координаты данного атома.

Аcимметрическоя и биологическая единицы

C сервера PDBe был получен файл с биологической единицей записи PDB 2PUB


Асимметрическая единица слева, биологическая единица справа

Анализируя только асимметрическую единицу не возможно получить информацию о взаимодействии макромолекул, а именно, каким образом взаимодействуют субъединицы белка между собой и с молекулой ДНК.


Назад

2010 ©