Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~anya_fbb/Aln2.html
Дата изменения: Mon May 25 20:24:36 2009 Дата индексирования: Mon Oct 1 23:52:02 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Linux
на главную1)Смена активной директории и просмотр содержимого директорий
2)Создание и просмотр файлов
    seqret sw:p02925 -auto
    ls
    more ls    я получила содержимое PDB-файла с последоательностью белка RBSB_ECOLI с помощью программы пакета EMBOSS seqret
    entret sw:p02925 -auto
    ls
    more rbsb_ecoli.entret    получила содержание документа о белке из UniProt с помощью программы пакета EMBOSS entret. Нажимая несколько раз клавишу
3)Некоторые способы облегчения работы в командной строке
1)Построить полное (глобальное) оптимальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS
Пользуясь программой seqret, я создала файл с поледовательностью белка ALSB_ECOLI, родственного моему RBSB_ECOLIneedle rbsb.fasta alsb.fasta rbsb_alsb.needle -auto | a)Создался файл rbsb_alsb.needle с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были отражены штрафы за гэп(за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5) |
needle rbsb.fasta alsb.fasta aa.needle | b)Создался файл rbsb_alsb.needle с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были утроены, т.к. удвоение не давало никаких различий с глобальным выравниванием (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5) (самостоятельный ввод размеров штрафов) изменения |
needle rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb__ecoli_needle.msf -aformat msf | c)Создался файл rbsb_alsb__ecoli_needle.msf в формате, пригодном для импорта в GeneDoc, с глобальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta |
2)Построить локальное (частичное) оптимальное выравнивание тех же последовательностей с помощью программы water пакета EMBOSS
Пользуясь программой water, я создала файл с поледовательностью белка ALSB_ECOLI, родственного моему RBSB_ECOLIwater rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb.water -auto | a)Создался файл rbsb_alsb.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были отражены штрафы за гэп(за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5) |
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta aa.water | b)Создался файл aa.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были утроены (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5) (самостоятельный ввод размеров штрафов) |
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta rbsb_alsb__ecoli_water.msf -aformat msf | c)Создался файл rbsb_alsb__ecoli_water.msf в формате, пригодном для импорта в GeneDoc, с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta |
water rbsb_ecoli.fasta alsb_ecoli.fasta small.water | b)Создался файл small.water с локальным выравниванием последовательностей из файлов rbsb.fasta и alsb.fasta, в котором были штрафы за гэп были уменьшены в два раза (за вставление пропуска - 5, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.25) (самостоятельный ввод размеров штрафов) |
3)Сравнить полученные выравнивания
Сравнение глобальных выравниваний
Выравнивание глобальное с автоматическим размером штрафов за гэп (за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)
Выравнивание глобальное с утроенным размером штрафа за гэп (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5)
Аминокислоте E в позиции 271 в первой последовательности в разных глобальных выравниваниях сопоставлены E (глутаминовая к-та) в 287 позиции во второй последовательности первого выравнивания и K (лизин) в 281 позиции второй последовательности второго выравнивания (выделено в желтой рамочке)
L (лейцин) в 282 позиции во второй последовательности сопоставлен T (треонин)в позиции 272 в первой последовательности во втором выравнивании,в первом выравнивании против этой же позиции 282 стоит пропуск (выделено в розовой рамочке)
Выравнивание локальное с автоматическим размером штрафов за гэп (за вставление пропуска - 10, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.5)
Выравнивание локальное с утроенным размером штрафа за гэп (за вставление пропуска - 30, за удлинение на каждый следующий пробел - 1.5)
Выравнивание локальное с уменьшенным размером штрафа за гэп в два раза(за вставление пропуска - 5, за удлинение на каждый следующий пробел - 0.25)
Аминокислоте D ( аспарагиновая к-та) в 272 позиции первой последовательности в разных локальных выравниваниях сопоставлены G (глицин) в 290 позиции второй последовательности первого выравнивания и V (валин) в 284 позиции второй последовательности второго выравнивания, E (глутамин. к-та) в 287 позиции второй последовательности третьего выравнивания (выделено в зеленой рамочке)
В 281 позиции K (лизин) второй последовательности сопоставлен E (глутаминовая к-та)в позиции 269 первой последовательности во втором выравнивании,на 281 позиции K (лизин) сопоставлен E (глутаминовая к-та) в позиции 271 первой последовательности в третьем выравнивании,в первом выравнивании против этой же позиции 281 второй последовательности стоит пропуск (выделено в желтой рамочке)
Локальные выравнивания совпадают с соответствующими частями глобальных выравниваний