База данных eF-site

   Авторы:

   База данных eF-site была составлена вышеуказаными экспертами

Содержание базы

   В базе содержатся данные о молекулярных поверхностях функциональных участков белков, показывающих одновременно электростатические потенциалы и гидрофобные свойства на поверхностях Connolly активных участков, для анализа молекулярных механизмов узнавания. В этой базе данных есть два вида файлов: seqinfo и efvet, в которых содержится вся информация для каждой записи.

    Seqinfo файл описывает биологические функции молекулы и химические свойства каждого функционального участка на молекулярной поверхности.

    Efvet файл содержит геометрическую информацию и окраску признаков молекулярной поверхности в форме ряда многоугольников. Электростатические потенциалы и гидрофобные свойства описаны вместе поверхностным цветом таким способом, что красный к синим соответствует отрицательным положительным электростатическим потенциалам, а желтый цвет указывает поверхность гидрофобного остатка.

Алгоритмы и методы

   Поверхности Connolly были сделаны при использовании программы MSP (Connolly, M.L., J. Mol.Graph., 4, 93-96, 1986). Электростатические потенциалы были вычислены, решая уравнения Пуассона-Вольцманна последовательным граничным методом Nakamura, H. и Nishida, S. (J. Phys. Soc. Jpn., 56, 1609-1622, 1987).

   Визуализация структуры и поверхности молекулы представлена программой PDBjViewer (Java апплет), которая была разработана Kengo Kinoshita (Graduate School of Integrated Science, Yokohama City University) и Haruki Nakamura (Institute for Protein Research, Osaka Univeristy)

   seqinfo файл и efvet файл и написаны в XML.

Пользовательские свойства стартовой страницы базы

   Стартовая страница достаточно проста для понимания. На ней находится строка поиска, примеры молекулярных поверхностей (mol.gif), данные о количестве записей, дате последнего обновления, а также ссылки на другие страницы банка данных (о сайте, инструменты, статьи, ссылки и пр.), категории поиска и другие родственные сайты.

Строка поиска

Категории поиска

Поиск

   Поиск осуществляется по PDB-коду белковой последовательности или по категориям (опять же используя PDB-код).

Степень заполнения базы

   База данных содержит 203364 записи (состояние на 27 мая 2006года). Т.к. она является автоматически сгенерированной, то степень заполнения 100% (при добавлении в базу новой последовательности программа выдает все необходимые данные)

Тестовый запрос

1. Вначале был осуществлен поиск по PDB-коду на главной странице

В итоге, было получено 3 файла результатов

В данных файлах содержатся цепи тестируемого белка H, HL и L

2. Далее произведен поиск по PDB-коду в категории (антитела). В результате был получен один фаил. В данном случае найдена только полная последовательность иммуноглобулина, а не его цепи. Также представлен рисунок 3D-структуры этого белка.

   С результатами также приводятся ссылки на другие базы данных. Например,пройдя по ссылке PDB можно получить некоторую информацию об этом белке(авторы, количество цепей, молекулярный вес и т.д), ссылки на другие банки данных в которых описан этот белок и изображения 3D-структур при различных положениях цепей

Общее мнение о базе данных

   База данных очень специфична, поэтому несет мало информации - только о функциональной поверхности белка. Довольно простой поиск, результат можно визуализировать с помощью PDBjViewer. Не очень понятно, для чего может использоваться полученная информация.