Занятие 13 (RasMol)

1. Выберите один из лигандов (молекулу органического вещества или ион) из имеющихся в вашей структуре (замечание: по возможности НЕ выбирайте селенометионин). Сохраните в отдельном файле атомы белка, контактирующие с этим лигандом (контактом будем считать расположение двух атомов на расстоянии ближе 5Å). Внесите в протокол идентификаторы остатков, контактирующие с лигандом. Выберите один из контактирующих остатков и сохраните в отдельный графический файл (формата GIF) изображение взаимного расположения остатка и лиганда.

2. Оставьте в графическом окне изображение одной (любой, если их несколько) цепи белка в остовной модели. Покрасьте ее по структуре, для этого выполните (имея в качестве выделенного множества данную цепь) команды:

    structure
    color structure

   Определите и внесите протокол, к какому типу относится белок (альфа-спиральный, бета-структурный либо "альфа+бета"). Подберите ракурс, в котором хорошо видна вторичная структура цепи, и сохраните изображение в формате GIF.

3. Выберите один из элементов вторичной структуры (альфа-спираль или пару рядом расположенных бета-тяжей; желательно выбирать самый протяженный элемент). Создайте скрипт sselem.def, в котором под подходящими названиями определяются следующие множества:

   • Все атомы, относящиеся к остаткам данного элемента вторичной структуры.
   • Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента.
   • Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков данного элемента.
   • Все атомы кислорода и азота из остатков белка ВНЕ данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
   • Все атомы углерода и серы из боковых цепей остатков белка вне данного элемента (в том числе из других полипептидных цепей).
   • Все атомы кислорода и азота остатков данного элемента, образующие водородные связи с атомами кислорода или азота остатков вне данного элемента (водородной связью считаем расположение центров двух атомов на расстоянии менее 3,7Å).
   • Все атомы остатков данного элемента, участвующие в гидрофобных контактах с остатками вне данного элемента (гидрофобным контактом считаем такое расположение двух неполярных атомов, что расстояние между их центрами меньше 5Å; неполярными считаем все атомы углерода и серы из боковых цепей).
   Краткое описание всех определяемых множеств должно появиться в командном окне при исполнении скрипта, например:

    The chosen alpha-helix is defined as "myhelix"
    ...
    The set of all nonpolar atoms of myhelix is defined as "npatoms"
    ...
   

4. (*) Подумайте, как создать такое изображение, которое достаточно наглядно отображало бы структуру водородных связей выбранного Вами элемента вторичной структуры с остальной частью белка (или комплекса). То же для гидрофобных контактов. Попробуйте сохранить подобные изображения (один или несколько вариантов) как в виде GIF-файлов, так и в виде RasMol-скриптов.