(ATTENTION! MATERIAL UPDATED!) For lipid bilayer modelling the whole toolchain was built: from creating membranes to MD trajectory analysis. We use OPLS-AA forcefield with Berger potentials for alcane dihedrals integrated. Addings to OPLS-AA Forcefield. We use OPLS-AA with some includings; «includings» are overlays on the standart GROMACS forcefield files. Patch for GROMACS OPLS-AA forcefieldљ is […]
Lipid membrane MD modeling with GROMACS
Задача: адсорбция катионов на фосфолипидных мембранах из анионных липидов
Живая клетка состоит из многих компонентов, покрытых мембраной, которая во многом обеспечивает их барьерные и структурные функции. Поверхность мембран живой клетки практически всегда заряжена отрицательно, что отражается на свойствахљмембраны омывающего ее раствора. Изменение заряда мембраны возможно двумя способами: при помощи изменения состава заряженных липидов и нелипидных компонент мембраны и при помощи адсорбции заряженных частиц на […]
Python membrane generator for MD simulations
Download script: memgen-0.0.1.tar.gz System requirements: python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. If you are looking for topologies and structure files for lipids please read this post. The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other lipid compounds (e.g. cholesterol). Molecules are positioned according to hexagonal packing grid. […]
Метки
Последние записи
- OPLS-AA patch for different types of molecules
- Reaction-diffusion systems in 2D space with python
- Constructing discrete Laplacian via sparse matrix
- All-atom automatic OPLS-AA topology generator
- Scanning PES ab initio and in MM
- Quantum chemistry information page
- Python script for processing FRAP image set
- Using Firefly/GAMESS-US efficiently
- Building and plotting Fukui function with FireFly and PyMol
- Visualize partial charges in PyMol
Комментарии
- comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- zoidberg in Инструкции по уста?…
- Natallia in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » OPLS-AA… in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- Luge Zhang in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » Reactio… in Constructing discrete Laplacian via…
- comcon1 in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- Luge Zhang in All-atom automatic OPLS-AA topology…
- » Quantum… in Building and plotting Fukui functio…
- » Scannin… in Using Firefly/GAMESS-US efficiently…