META TOPICPARENT |
name="WebHome" |
Практикум для курса "Био-нано-моделирование" 2011
Упоров И.В., Головин А.В.
Презентации к лекциям
Практическое занятие по молекулярной динамике в курсе моделирования нано- и биоструктур
Цель данного занятия ознакомится с возможностями моделирования молекулярной динамики.
В этом занятии мы будем рользоваться пакетом молекулярной динамики Gromacs. Это программное обеспечение распостраняется под лицензией GPL, т.е. пользователь может скачать исходный код и свободен его изменять по своему усмотрению.
Общие положения
Подсказки по использованию оболчки bash в Linux.
Вы будете работать на машине с адресом 172.16.0.140. Ваши результаты будут доступны из папки skif на диске Н:.
Типы файлов:
- gro - файл с координатами системы.
- top - файл с описанием ковалентных и нековалентных взаимодействий в молекулах.
- mdp - файл с описанием параметров для работы молеклярно-механического движка.
- tpr - файл для молеклярно-механического движка по сути есть объединение gro, top и mdp.
- trr, xtc - файл с координатами после рассчета.
Основные программы из пакета, которые будут использованны на занятии:
Программы запускаются в командной строке Linux, флаги запуска программ начинаются с -, например -f.
Как правило после флага следует либо имя файла либо значение параметра. Смотрите примеры ниже.
- editconf - манипуляция форматом координат и самими координатами. Пример:
editconf -f my.gro -o my.pdb
- genbox - наполнение ячейки растворителем.Пример:
genbox -cp my.gro -cs mysolvent.gro -p my.top -o my_solvated.gro
- genion - утилита для замены n молекул растворителя на ионы.
genion -s my.tpr -np 10 -p my.top -o my_ions.gro
-np это добавить 10 положительно заряженых ионов
- grompp - объединение и проверка gro, top и mdp в tpr.
grompp -f my.mdp -c my.gro -p my.top
- mdrun - молеклярно-механический движок. На входе принимает tpr файл.
mdrun -deffnm my.tpr
здесь параметр -deffnm означает, что выходные файлы будут называться как и входной файл, только с другими расщирениями
Настройка соединения с суперкомпьютером Chebyshev
Доступ к суперкомпьютеру возможен только по ssh ключам. Скопируйте и настройте их использование:
rm ~/.ssh
mkdir ~/.ssh
cp /home/preps/golovin/skif/nano-prac ~/.ssh
cat /home/preps/golovin/skif/config_nano >> ~/.ssh/config
chmod 600 ~/.ssh/nano-prac
Проверьте соединение:
ssh skif
Объекты для практикума
На этом занятии Вам предлагается 5 различных систем для моделирования. Перейдите по ссылке для подробных инструкций по выполнению каждого задания.
Анализ результатов |