Лаборатория кристаллохимии была организована в 1952 году. До 1974 г. ее возглавлял Михаил Александрович Порай-Кошиц (1918-1994). Ему принадлежит заслуга создания основ общего курса лекций по кристаллохимии, который он читал на факультете до 1974 года. В указанное время сотрудниками лаборатории защищены 40 кандидатских и 12 докторских диссертаций, опубликовано свыше 300 научных статей и обзоров.
     С 1974 по 2005 г. заведующим лабораторией был Петр Маркович Зоркий (1933-2005). Ученик М.А.Порай-Кошица профессор П.М.Зоркий проводил систематические исследования в области теоретической органической кристаллохимии, включающие анализ упаковок и контактной конформерии молекул в кристалле, систематизацию структурных классов молекулярных кристаллов и атомных радиусов, изучал некристаллографические симметрийные соотношения в структуре полисистемных кристаллов. П.М.Зоркий создал и в течение 30 лет читал общий курс кристаллохимии для студентов МГУ и других учебных заведений (факультета наук о материалах МГУ, Высшего химического колледжа РАН). Его книга "Симметрия молекул и кристаллических структур" стала важнейшим учебным руководством для студентов-химиков.
     В 1955 г. в результате реорганизации кафедр по истории науки на естественных факультетах МГУ на химфаке под руководством проф. Н.А.Фигуровского были организованы Кабинет истории и методологии химии (КИМХ) и лаборатория анализа дисперсных систем (ЛАДС). В 1963 г. эти подразделения, имевшие поначалу межкафедральный статус, влились в состав кафедры физической химии. В 1979 году произошло объединение с лабораторией кристаллохимии: КИМХ и ЛАДС вошли в ее состав на правах научных групп.
     В Кабинете истории и методологии химии еще при проф. Н.А.Фигуровском сложилась научная школа, развивавшая как исследования в области истории различных направлений и отраслей химической науки, так и работы научно-биографического характера. Традиционным направлением является изучение развития химии в Московском университете (от его основания и до наших дней), а также исследование возникновения и формирования химического факультета, его кафедр и научных направлений, развивающихся здесь.

     В настоящее время коллектив лаборатории модернизирует общий курс кристаллохимии и готовит к выходу новое учебное пособие, над которым работал Петр Маркович в последние годы. Наряду с теоретическим анализом развиваются экспериментальные исследования строения сложных, частично упорядоченных соединений и материалов - как на собственном оборудовании, так и в центрах коллективного пользования (включая Курчатовский центр синхротронного излучения и нанотехнологии).
     27-28 октября 2005 года на Химическом факультете МГУ состоялся семинар памяти П.М.Зоркого. Сотрудниками лаборатории была организована школа по синхротронному излучению (Химический факультет МГУ, 10-12.11.2005). Материалы школы можно посмотреть здесь.