Работы в области следящих приводов и робототехнических систем в НИИСМ были начаты и начале 70-х годов. Большую роль в становлении этого направления сыграли академики Н.А.Лакота, Е.П.Попов, В.С.Ястребов и научная школа МВТУ им.Н.Э.Баумана по робототехнике, основанная Н.А.Лакотой и В С.Кулешовым. Благодаря достижениям этой школы и сотрудничеству с ведущими в подводной технике в этот период организациями - СПМБМ "Малахит", НПО "Пролетарский завод", ОКБ СТС, Институт океанологии РАН, ЦНИИ Гидроприбор" - молодым коллективом отдела за короткий срок был создан ряд принципиально новых подводных систем. В их число входят системы управления манипуляторами следящего типа, в том числе , с отображением усилий и адаптацией к объекту работ, адаптивные движительные комплексы подводных аппаратов. Эти разработки были внедрены на подводных аппаратах "Поиск", "Тинро-2", "Акватор", "Манта-1,5", "Север-2", "Тритон", "Скарус", "Фред", "Краб-2".

В 1985 г. в составе НИИСМ был организован отдел "Подводные системы". Научные сотрудники отдела на основе имеющегося опыта проектирования разработали систему автоматизированного компьютерного проектирования подводных комплексов. Это позволило в короткий срок создать ряд современных образцов подводной техники: подводные манипуляторы и система движения подводных аппаратов "Омар" и "Рифт", образцы средних телеуправляемых подводных аппаратов типа "Аква" с высокой степенью интеллектуализации и высокоточными манипуляторами со сменным инструментом. Данный тип аппаратов при массе не более 600 кг позволяет осуществлять на глубинах до 2000 м сложные технологические операции в автоматизированном режиме.

В 1995 г. по заданию Министерства по чрезвычайным ситуациям, базируясь на разработанных в отделе программно-аппаратных комплексах автоматизированного проектирования, была создана компьютерная модель АПЛ "Комсомолец", затонувшей на глубине 1700 м, с учетом произошедших на ней разрушении. С помощью компьютерной модели в отделе был разработан проект локализации ядерных боеприпасов, находящихся на АПЛ и отработана технология его выполнения в подводных условиях. К июню 1995 г. на основе этого проекта были созданы конструкции, обеспечивающие локализацию боеприпасов. Эти конструкции в июле 1995 г. установлены на АПЛ с помощью аппаратов "Мир". Выполнение проекта позволило предотвратить выход плутония из боеприпасов, находившихся на АПЛ в океан, и тем самым предотвратить опасность экологической катастрофы в Норвежском море.

Отдел является одним из ведущих в РФ научно-исследовательским и проектным подразделением специализирующимся на разработке следующих подводных технических средств:

• подводных манипуляторов любого типа , в том числе, с управлением усилием на охвате и реализацией программных режимов, необходимых при выполнении операции со сменным инструментом;
• высокоэкономичных адаптирующихся движительных комплексов подводных аппаратов плавающего и донного типов;
• маневрирующих буксируемых подводных аппаратов, использующих различные движители, в том числе, и роторы Магнуса;
• телеуправляемых подводных рабочих аппаратов различного назначения с высоким уровнем автоматизации при выполнении работ, способных выполнять сложные технологические операции на больших глубинах;
• автономных робототехнических комплексов для исследования океана.

Достижения и области подводной техники, сложившаяся научная школа и накопленный в отделе опыт по проектированию определили открытие в 1991 г. в МГТУ им. Н.Э.Баумана кафедры "Подводные роботы и аппараты".