Проектный институт «Сибпромпроект», а точнее в то время - филиал ?3 одного из крупнейших московских проектных институтов - ГСПИ-7, был образован согласно постановлению ЦК КПСС и Совмина СССР от 1 апреля 1959 года ? 375-178. Затем был приказ Государственного комитета при Совете Министерств СССР по оборонной технике о создании филиала ?3.27 мая 1959 года первым директором филиала ?3 «ГСПИ-7» был назначен Н.С. Цуканов, и именно эта дата с тех пор считается официальным днем рождения института.

В начале 60-х годов прошлого века создавалось новое производство на Красноярском машиностроительном заводе (Красмаш) по выпуску оборонной техники. Для оперативного решения проектных вопросов, разработки документации и понадобился филиал ?3, и именно поэтому он сначала размещался прямо на Красмаше. Это была первая бригада из московского головного института - человек 20. И лишь несколько позже коллектив филиала перебазировался в Красноярск-26.

В 1967 году филиал ?3 был переименован в Восточно-Сибирский филиал Ипромашпрома (сокращенно - ВСФИ). Это название и закрепилось за институтом на долгие годы.

С 1987 года коллектив института переехал в новое большое и просторное здание. Это здание было спроектировано самими сотрудниками института и строилось с участием его работников. В этот период численность коллектива достигала 600 человек. Это был максимальный расцвет института в советский период его истории.

В 1991 году ВСФИ был преобразован в самостоятельный государственный проектный институт «Сибпромпроект» с ведома и согласия Министерства общего машиностроения.В 2006 году институт был преобразован в открытое акционерное общество «Сибирский институт проектирования предприятий машиностроения», 100 % акций которого принадлежат государству. 16 марта 2006 г. в Федеральной службе финансовых рынков РФ был зарегистирован отчет об итогах выпуска акций ОАО «Сибпромпроект». Приватизация института осуществляется в рамках Федеральной целевой программы «Реформирование и развитие оборонно-промышленного комплекса (2002-2006гг.)», утвержденной постановлением Правительства РФ от 11.10.2001г. ? 713 и согласно указу Президента РФ от 9 июня 2006 года «Об открытом акционерном обществе «Информационные спутниковые системы».

Входит в состав интегрированной структуры ОАО "ИСС"