В середине 90-х годов прошлого столетия на ЦУП были возложены задачи по управлению полетом космических аппаратов научного и социально-экономического назначения. Это стало принципиально новым направлением в его работе. С целью решения данной задачи был создан отдельный сектор управления. Основной идеей построения этого сектора являлось то, что на него наряду с традиционными задачами, такими как баллистико-навигационное, телеметрическое, командно-программное обеспечение управления полетом, отображение полетной информации, возлагались и качественно новые задачи – долгосрочное и оперативное планирование полета, оперативное управление, в том числе непосредственно в ходе сеансов связи, оперативный и детальный анализ состояния обеспечивающей и научной аппаратуры, принятие мер по выходу из нештатных ситуаций. Кроме того, на этот сектор были возложены задачи организации всей работы по подготовке к управлению полетом космических аппаратов научного и социально-экономического назначения, включая взаимодействие с организациями, участвующими в управлении.
Принципиально новым стало и то, что впервые основу Главной оперативной группы управления этими аппаратами составили штатные сотрудники ЦУПа, а не головных предприятий-разработчиков. Такой подход позволял управлять разными спутниками, изготовленными на разных предприятиях, сохраняя при этом прежний сработавшийся костяк группы управления. Руководителем полета космических аппаратов научного и социально-экономического назначения в 1999 году был назначен тоже штатный сотрудник ЦУПа Николай Леонидович Соколов, член-корреспондент Российской академии космонавтики имени К.Э.Циолковского, кандидат технических наук, доцент Московского государственного технического университета имени Н.Э.Баумана.
С 17 июля 1999 года по 23 апреля 2002 года ЦУП управлял полетом российско-украинского космического аппарата «Океан-О» ?1, предназначенного для оперативного получения информации дистанционного зондирования Земли и Мирового океана в оптическом, инфракрасном и микроволновом диапазоне спектра, сбора и передачи информации с морских, ледовых и наземных платформ с целью изучения фундаментальных проблем и эффективного решения прикладных задач, связанных с состоянием окружающей среды и влиянием на нее природных и техногенных процессов. В ходе управления был разработан оригинальный метод поддержания ориентации космического аппарата с помощью аэродинамических и гравитационных моментов, без расхода топлива. Новый метод показал свою эффективность в сложных условиях высокой солнечной активности, сопровождающейся мощными магнитными бурями.
С 10 декабря 2001 года по 8 марта 2006 года ЦУП управлял космическим аппаратом «Метеор-ЗМ» ?1, имеющим на борту многофункциональную научную аппаратуру, в том числе американский прибор «Сейдж-3». Космический аппарат «Метеор-ЗМ» был многоцелевым искусственным спутником Земли, одновременно решающим задачи изучения природных ресурсов, контроля состояния окружающей среды, гидрометеорологического и гелиогеофизического обеспечения. В процессе управления полетом была разработана новая универсальная технология информационного взаимодействия подмосковного ЦУПа с Центром имени Лэнгли (США), с сектором главного конструктора (НИИ электромеханики, г.Истра Московской обл.), с главным оператором (Центром космических наблюдений, г.Москва).
В соответствии с программой сотрудничества между Федеральным космическим агентством России и Национальным космическим агентством Украины ЦУП управлял украинским спутником дистанционного зондирования Земли «Сич-1М» в начальный период его полета. Этот спутник был выведен на орбиту 24 декабря 2004 года. После завершения начального этапа 11 января 2005 года управление было передано украинской стороне (ЦУП, г. Евпатория).
С 31 мая по 16 июня 2005 года ЦУП управлял космическим аппаратом «Фотон-М» ? 2 научного назначения, обеспечив в расчетное время его сход с орбиты и приземление спускаемого аппарата в заданном районе. Также успешно было осуществлено управление и следующим аппаратом этого типа – «Фотом-М» ? 3, полет которого состоялся 14–26 сентября 2007 года
С 26 мая 2006 года по 2 июля 2007 года осуществлялось управление малогабаритным космическим аппаратом «Компас-2», выведенным на околоземную орбиту ракетой-носителем «Штиль» с борта атомной подводной лодки из акватории Баренцева моря.  Основной задачей этого космического аппарата было обнаружение и регистрация аномальных физических явлений и характерных признаков в ионосфере, связанных с вулканической, сейсмической, циклонической или грозовой активностью.
С 15 июня 2006 года по настоящее время ЦУП управляет космическим аппаратом оптико-электронного наблюдения «Ресурс-ДК1», предназначенного для многоспектрального дистанционного зондирования  земной поверхности с высоким пространственным разрешением.
Продолжается подготовка к управлению и другими автоматическими космическими аппаратами. При этом персонал управления и аппаратно-программные средства ЦУПа ориентируются с таким расчетом, чтобы в перспективе можно было обеспечить одновременную работу с 10-15 аппаратами (а в дальнейшем с 25-30), находящимися на околоземной орбите.

вверх