26 ноября 2001 года с космодрома Байконур произведен запуск транспортного грузового корабля "Прогресс М1-7". Цель запуска - транспортно-техническое обеспечение станции. 28 ноября корабль был пристыкован к осевому причалу российского служебного модуля "Звезда", однако на заключительном этапе стягивания его активного стыковочного агрегата (СтА) с пассивным СтА модуля "Звезда" произошла нештатная ситуация, которая не позволила полностью закончить штатную циклограмму стыковки. Для ее устранения 3 декабря 2001 года экипажем МКС-3 был проведен выход в открытое космическое пространство.
Во время выхода, осуществленного из российского стыковочного отсека - модуля "Пирс", космонавты М. Тюрин и В. Дежуров удалили с СтА модуля "Звезда" посторонний предмет, которым оказалось уплотнительное резиновое кольцо активного СтА корабля "Прогресс М-45", оставшееся там после их расстыковки 22 ноября 2001 года. В результате выхода стыковка корабля с МКС была завершена полностью.
Корабль доставил на борт МКС около 2,4 т грузов, в том числе топливо для дозаправки объединенной двигательной установки служебного модуля. Среди доставленных грузов рационы питания, свежие фрукты, питьевая вода, оборудование для систем орбитальной станции, научное оборудование, бортовая документация, посылки для экипажа и многое другое.
19 марта 2002 года была выполнена отстыковка корабля "Прогресс М1-7" от российского служебного модуля "Звезда". 20 марта, после ухода корабля от МКС на безопасное расстояние, с его борта был осуществлен запуск российско-австралийского научно-образовательного микроспутника "Колибри", а сам ТГК уведен с орбиты по траектории спуска в заданный район Мирового океана.

6 декабря 2001 года (ДМВ) произведен запуск американского МТКК "Индевор" STS-108 (программа развертывания МКС, номер полета - UF-1), который 7 декабря состыковался с МКС.
В составе экипажа находились: Доминик Гори (командир), Марк Келли (пилот), Линда Годвин, Дэниел Тани, Юрий Онуфриенко, Карл Уолз и Дэниел Берш (специалисты полета).
Цель полета - доставка на МКС экипажа четвертой основной экспедиции (МКС-4) - Юрия Онуфриенко, Карла Уолза и Дэниела Берша - и возвращение на Землю экипажа третьей основной экспедиции (МКС-3) - Фрэнка Калбертсона, Владимира Дежурова, Михаила Тюрина, работавших на борту орбитального комплекса с 12 августа 2001 года, а также доставка грузов в герметичном итальянском модуле "Рафаэлло". В ходе совместного полета корабля со станцией американские астронавты совершили выход в открытый космос, во время которого на американском сегменте были выполнены работы по теплоизоляции приводов солнечных батарей. С помощью двигателей корабля были осуществлены четыре коррекции орбиты МКС.
15 декабря экипаж " Индевора " осуществил расстыковку, а 17 декабря - посадку на Землю.

21 марта 2002 года с космодрома Байконур произведен пуск РН "Союз-У" с транспортным грузовым кораблем "Прогресс М1-8", который 24 марта в автоматическом режиме пристыковался к агрегатному отсеку служебного модуля "Звезда". Цель запуска - транспортно-техническое обеспечение МКС, включая доставку на ее борт около 2,4 т различных грузов, в том числе свыше 780 кг топлива, для обеспечения жизни и работы экипажа 4-ой основной экспедиции и предстоящей 3-ей российской экспедиции посещения.
25 июня 2002 года ТГК "Прогресс М1-8" был отстыкован от МКС и после выдачи тормозного импульса уведен с орбиты по траектории спуска в заданный район акватории Тихого океана.

8 апреля 2002 года произведен запуск американского многоразового транспортного космического корабля "Шаттл" "Атлантис" STS-110 (программа развертывания МКС, номер полета - 8А), который 10 апреля состыковался с МКС. В составе экипажа астронавты НАСА Майкл Блумфилд (командир), Стефан Фрик (пилот), Рэкс Волхейм, Элен Очоа, Ли Морин, Джерри Росс и Стивен Смит (специалисты полета). Цель полета - доставка и установка на станции центральной секции Основной фермы МКС (секции S0) и установленного на ней мобильного транспортера, предназначенного для перемещения астронавтов и грузов вдоль Основной фермы по специальному рельсовому пути, а также телескопического трапа для облегчения перемещения астронавтов и космонавтов, работающих в открытом космосе. Во время совместного полета американские астронавты совершили четыре выхода в открытый космос. Двигателями "Атлантиса" было выполнено три коррекции орбиты МКС. 17 апреля экипаж " Атлантис " осуществил расстыковку, а 19 апреля - посадку на Землю.