26 февраля 2001 года с космодрома Байконур произведен запуск транспортного грузового корабля "Прогресс М-44", который 28 февраля был пристыкован к осевому причалу российского служебного модуля "Звезда". Грузовой корабль доставил на борт МКС свыше 2,5 тонн полезного груза, в том числе около 730 кг топлива для дозаправки объединенной двигательной установки модуля "Звезда", оборудование для проведения медико-биологических экспериментов, комплект инструментов для проведения ремонтных работ, расходуемые материалы для системы очистки атмосферы в жилых отсеках, а также часть оборудования и материалов, необходимых для жизнедеятельности и работы следующего основного экипажа МКС.
На орбите образован комплекс в составе: грузовой корабль "Прогресс М-44" - российский служебный модуль "Звезда" - функциональный грузовой блок "Заря" - пилотируемый корабль "Союз ТМ-31" - американские модули "Юнити" и "Дестини". Масса комплекса около 112 тонн. 16 апреля ТГК "Прогресс М-44" отстыкован от МКС и уведен с орбиты по траектории спуска в акваторию Мирового океана.

8 марта 2001 года произведен запуск американского многоразового транспортного космического корабля "Шаттл" "Дискавери" STS-102 (программа развертывания МКС, номер полета - 5A.1), который 10 марта состыковался с МКС.
В составе экипажа находились: российский космонавт Юрий Усачев, астронавты НАСА Джим Уэзерби (командир), Джим Келли (пилот), Энди Томас, Пол Ричардс, Джим Восс, Сьюзен Хелмс (специалисты полета).
Целью полета являлась доставка на МКС экипажа второй основной экспедиции (МКС-2) - Юрия Усачева, Джима Восса и Сьюзен Хелмс - и возвращение на Землю экипажа первой основной экспедиции МКС-1 - Уильяма Шепарда, Сергея Крикалева, Юрий Гидзенко, работавших на борту комплекса со 2 ноября 2000 года. Кроме того, корабль "Дискавери" доставил на станцию оборудование для дооснащения американского сегмента станции, в том числе размещенное в совершающем первый полет к МКС итальянском грузовом модуле "Леонардо", а также индивидуальные ложементы для экипажа МКС-2, приборы индивидуального дозиметрического контроля, запасы воды, воздуха и продуктов питания. В ходе совместного полета американские астронавты совершили два выхода в открытый космос. С помощью двигателей корабля осуществлены три маневра подъема орбиты МКС. 19 марта экипаж "Дискавери" осуществил расстыковку, а 21 марта - успешную посадку на Землю.

19 апреля 2001 года стартовал корабль "Индевор" STS-100 (программа развертывания МКС, номер полета - 6А), который 21 апреля состыковался с МКС. Состав экипажа: астронавты НАСА Кент Ромингер (командир), Джефф Эшби (пилот), Скотт Паразински, Джон Филлипс, российский космонавт Юрий Лончаков, представитель Европейского Космического агентства Умберто Гудони и Канадского Космического агентства - Крис Хадфилд (специалисты полета). Цель полета - доставка и установка на станции манипулятора канадского производства для поведения работ вне станции и УВЧ антенны для обеспечения связи при проведении внекорабельной деятельности. На станцию также было доставлено более 2700 кг припасов и оборудования, в том числе размещенного на многоцелевом модуле материально-технического снабжения "Рафаэлло". В ходе совместного полета американские астронавты совершили два выхода в открытый космос. 29 апреля экипаж "Индевора" осуществил расстыковку, 1 мая - успешную посадку на Землю.

28 апреля 2001 года с космодрома Байконур ракетой-носителем "Союз-У" был осуществлен запуск российского транспортного пилотируемого космического корабля "Союз ТМ-32" (программа развертывания МКС, номер полета - 2S), который 30 апреля состыковался со станцией. На борту корабля находился экипаж первой российской экспедиции посещения (ЭП-1): российские космонавты Талгат Мусабаев (командир), Юрий Батурин (бортинженер) и американский гражданин Деннис Тито, который посетил орбитальный комплекс МКС в качестве космического туриста. Цель запуска - плановая замена корабля "Союз ТМ-31", который со 2 ноября 2000 года находился в составе МКС, выполняя функции корабля-спасателя, а также проведение работ по программе посещения и решение задач технического обеспечения полета экипажа МКС-2. 6 мая 2001 года спускаемый аппарат космического корабля "Союз ТМ-31" с экипажем ЭП-1 успешно возвратился на Землю.
Орбитальный комплекс МКС функционирует в составе:
корабль "Союз ТМ-32" - служебный модуль "Звезда" - функциональный грузовой блок "Заря" - модуль "Юнити" - модуль "Дестини". Общая масса комплекса около 113,7 т.

21 мая 2001 года произведен запуск транспортного грузового корабля "Прогресс М1-6", который 23 мая был пристыкован к осевому причалу служебного модуля "Звезда". Корабль доставил около 1,3 т "сухих" грузов и 1,2 т топлива, в том числе 0,96 т для дозаправки объединенной двигательной установки модуля "Звезда". В составе "сухих" грузов научное оборудование, грузы для личного пользования экипажем второй основной экспедиции (МКС-2), продукты питания и средства медицинского обеспечения, бортдокументация и посылки для экипажа, кислород, аппаратура и оборудование для дооснащения бортовых систем, грузы для систем газового состава, водообеспечения, теплового режима. На орбите образован комплекс в составе: российский пилотируемый корабль "Союз ТМ-32" -служебный модуль "Звезда" - функциональный грузовой блок "Заря" - американские модули "Юнити" и "Дестини" - грузовой корабль "Прогресс М1-6". Масса комплекса - около 120,5 т. 22 августа 2001 года ТГК "Прогресс М1-6" был отстыкован от МКС и уведен с орбиты по траектории спуска в акваторию Мирового океана.