В соответствии с "Программой летных испытаний постоянно действующей пилотируемой станции модульного типа "Мир" орбитальный комплекс "Мир" (ОК "Мир") эксплуатировался на орбите с 20 февраля 1986 года (с момента запуска базового блока) по 23 марта 2001г. Всего по программе полета комплекса "Мир" проведено более 100 пусков кораблей и модулей различных типов (включая пуски американского корабля "Шаттл"). Несмотря на имевшиеся замечания, все пуски проведены успешно со 100% выполнением основных задач полета.
Особенностью программы полета ОК "Мир" являлось то, что после выведения базового блока был запланирован довольно длительный период дооснащения комплекса, путем пристыковки новых модулей и наращивания технических возможностей бортовых систем. На начальном этапе работы ОК "Мир" его эксплуатация была возможна только в режиме посещения, а эксплуатация в режиме постоянно действующей станции была ограничена из-за отсутствия необходимых средств СУД и СОЖ.
Первый пилотируемый полет на ОК "Мир" проведен в период с 15 марта 1986 года по 5 мая 1986 года (ЭО-1). На первом этапе полета работы выполнялись по "Программе полетов к станциям "Салют-7" и "Мир" на 1986 и 1987 годы", которая была завершена в декабре 1987 года после пуска корабля "Союз ТМ-4" (ЭО-3).
Эксплуатация ОК "Мир" в режиме постоянно действующей станции начата 8 февраля 1987 года (ЭО-2).
В 1986 -1987 годах осуществлено запланированное дооснащение комплекса средствами управления (БЦВК "Салют-5Б", УИВК, гиродины) и средствами обеспечения жизнедеятельности (системы "Воздух", "Электрон-В", БМП и др.) для перехода к непрерывной пилотируемой эксплуатации.
Развертывание комплекса до конечной конфигурации завершено 26 апреля 1996 года после пристыковки модуля "Природа". Этим было завершено выполнение "Программы летных испытаний постоянно действующей пилотируемой станции модульного типа "Мир". Далее комплекс эксплуатировался на основе ежегодного планирования программы полета.
Дополнительно к модулям, предусмотренным вышеупомянутой программой, для проведения работ с кораблем "Шаттл" в состав комплекса с 25 ноября 1995 года был введен стыковочный отсек (СО).
До августа 1999 года ОК "Мир" эксплуатировался в режиме постоянно действующей станции с одним перерывом с 27 апреля по 8 сентября 1989 года в период перехода с пилотируемых кораблей серии "Союз Т" на серию "Союз ТМ".
С середины 1999 года в связи с трудностями финансирования программы полета ОК "Мир" с целью экономии средств режим эксплуатации комплекса был изменен путем включения в программу относительно длительных беспилотных участков.
Первый такой перевод ОК "Мир" в режим беспилотного полета после многолетнего непрерывного функционирования в пилотируемом режиме осуществлен с 28 августа 1999 года.
В связи с тем, что при использовании режима управления (БЦВК + гиродины) при отсутствии экипажа возможно снижение надежности управления, перед переходом к беспилотному полету на ОК "Мир" был введен и проверен резервный аналоговый контур управления, позволяющий обеспечить решение следующих задач без использования БЦВК СУД:

• инерциальная стабилизация;
• демпфирование угловых скоростей;
• закрутка комплекса относительно осей базового блока X и Y;
• получение вектора состояния комплекса "Мир" по данным ТМИ магнитометра СМ-8М модуля "Квант" или звездного датчика ОЗД модуля "Квант-2".

Аналоговый контур обеспечивал возможность управления комплексом по командам с Земли при прохождении команд "Авария БЦВК".
На участке беспилотного полета ОК "Мир" эксплуатировался с выключенным БЦВК с поддержанием пассивной ориентации для подзаряда аккумуляторных батарей. Поддержание необходимой высоты орбиты на этом этапе для предупреждения схода комплекса с орбиты из-за естественного торможения в атмосфере обеспечивалось выдачей корректирующих импульсов кораблями "Прогресс", находящимися в составе комплекса.