Подшипники на магнитное поле не повлияют ни каким образом. Магнитные поля будут замыкаться через стакан ротора и внутри статора, поэтому ротор должен быть магнитопроводным.

Про энкодеры. Я пока не хочу выкладывать точный конструктив, но расскажу принцип работы, так как он описан в интернете довольно широко. Энкодер этот называется Оптический Аналоговый Синусно-косинусный с интерполяцией синусоиды. Есть группа штрихов на подвижной части и есть фазовая не подвижная маска, в итоге когда свет отраженный от штрихов пересекается с маской получаем аналоговый сигнал приближенный к синусоиде. Далее оцифровываем, итоговое разрешение напрямую влияет на конечное разрешение. У нас это 13 бит, или десятичное 8192, это число и является числом интерполяции. То есть в пределах периода одного штриха мы получим до 8192 отсчета. Далее надо получить синусоиду и косинусоиду, процессор считает эти оба значения как arctan(sin a / cos b), что является абсолютным углом в пределах одного периода штриха. Потом при помощи специальной логики преобразуем это либо в инкрементный сигнал, либо в абсолютный.