Если усилить места крепления к коробу и к верхнему цилиндру, можно ли кадратный профиль крепить болтом с гайкой без всяких дополнительных элементов? И как лучше квадратный профиль крепить к верхней цилиндрической поверхности?
Нужни ли будут в таком случае растяжки и как они, вообще, выглядят    ?

Даже если подложить большие шайбы, то со временем концы профиля будут деформироваться, лучше уж тогда одну сторону просверлить под отвертку и крепить только за одну сторону, но это не очень правильно. Лучше все же забить деревянные заглушки на эпоксидке\поксиполе  и не заморачиваться (заодно всякая гадость втрубе скапливаться не будет.
Насчет крепления к цилиндру  - либо сделать приливы под плоскость, либо пропилы в торце трубки (заглушки строго обязательны, причем волокна дерева вдоль оси, ну или фанера) слегка под углом  и в них вставлять цилинр и зажимать сквозным винтом ( в этом случае некоторые трубки будут невзаимозаменяемыми).
Стяжки не помешают в любом случае, но ни что не мешает делать их в последнюю очередь, если первые тесты покажут их необходимость.

Эпоксидку обычно наполняют стеклотканью(наверное лучше всего), х\б-тканью, мелкими древесными опилками, можно наверное попробоватьцемент или гипс. Делают пластилиновый бортик и наливают эпоксидку. Стынет как обычно - сутки при нормальной температуре. при нагреве(феном) быстрее, на холоде существенно медленнее, если разбавлена ацетоном - медленнее и больше усадка.
В Поксиполе наполнитель уже есть, стынет 10-15минут до полной потери текучести, полную прочность набирает еще несколько часов (резать резьбы лучше через сутки). Есть еще особенность - наносить его желательно не познее 3х минут после смешивания - после начинает стремительно падать прилипаемость. И через 6-8минут консистенция напоминает пластилин и уже практически не липнет - можно формовать пальцами, подрезать ножем и т.д. - очень удобно.  В общем мне он очень понравился, но дорогой и надо к нему немного приспособится.
Кстати аналогичным образом делаются приливы под фокусер, шпильки паука (если надо), искатель и т.д.

можно наверное попробовать цемент или гипс.

Все-же,наполнитель должен быть именно волокнистой структуры-чтобы, армируя, улучшать работу эпоксидки на растяжение/сжатие,т.к. проблема-то именно в хрупкости эпоксидки. А порошкообразные наполнители этого обеспечить не могут.

+ ко всему - аппарат сверхтранспортабельный !

Да, еще вот вспомнил, как тросики учился заплетать, мож пригодится для стяжек:
www.astronomy.ru/forum/index.php/topic,9690.0.html

Был у меня когда то вот такой классический кассегрен. Фермы из алюминиего листа. Я с ним мало наблюдал, но вроде все ок было...