Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.fbb.msu.ru/~smivic/Projects/Term_6/PyMOL.html
Дата изменения: Sun Apr 3 00:48:37 2011 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:03:39 2012 Кодировка: Windows-1251 Поисковые слова: movie |
Главная | Проекты | Семестры |
Зона контакта лиганда с белком (запись 1LMP банка PDB):
Углероды лиганда окрашены в cyan, контактирующие остатки изображены в виде sticks, показана их поверхность.
Средствами Tcl/Tk интерфейса была проведена мутация в белке из структуры 1LMP, которая может привести к потере связывания с лигандом - замена Glu35, с которым было возможно электростатическое взаимодействие лиганда NDG, на Gly:Структура с заменой: 1LMP_mut.pdb
Без мутации: С мутацией:
- Скрипт для анимационного ролика, где происходит совмещение белков и показывается место мутации: movie.pml Необходимы файлы ala_valentine.pdb и 1LMP_mut.pdb.
- Поли-аланиновая последовательность в форме валентинки (1LMP.pdb), созданная через меню "build" PyMOL и изменение торсионных углов в режиме Editing:
![]()
- Cкрипт для построения поли-аланиновой альфа спирали длиной 100 аминкислот: polyala.pml