Занятие 7.
Ваша рабочая директория: H:\Term5\Practice7.
Отчет по заданию должен появиться к понедельнику, 25 октября.
-
Выясните и приведите в отчете технические характеристики
своей записи PDB:
- Разрешение.
- Число рефлексов.
- Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного).
- R-фактор.
- Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления
(если эти данные приведены в записи).
- Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...).
- Длины векторов a, b, c
(базисных периодов кристаллической решетки).
- Ортогональны ли базисные периоды?
- Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)?
- Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с
ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чем разница?
- Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1?
Если да, то приведите пример.
Вычислите относительные координаты одного из Сα-атомов
своего белка.
Скачайте с сервера PDBe
файл с биологической единицей записи, находящейся против вашей фамилии в
таблице.
Указание: кнопка "Download other files",
строка "Assemblies" в открывающейся таблице.
Создайте изображения
асимметрической единицы и биологической единицы.
Напишите, какую информацию о данном комплексе
невозможно получить, анализируя только структуру асимметрической единицы.