Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.su/~siniy/term11.doc Дата изменения: Mon Dec 27 18:57:34 2004 Дата индексирования: Mon Oct 1 19:52:55 2012 Кодировка: koi8-r Поисковые слова: спиральная структура

Структура тРНК переносящей лизин из BOS TAURUS.

Киселёв Г. Г.
Аннотация
Анализ вторичной и третичной структур тРНК к лизину Bos taurus
средствами биоинформатики.

Ключевые слова
тРНК, вторичная структура, третичная структура, «клеверный лист», L-
образная структура [1].

Введение
тРНК это особый тип РНК функционирующий как некий ярлык по которому
рибосома "понимает" какая аминокислота соответствует данному триплету.
Каждая тРНК несёт в определённом участке антикодонную
последовательность, комплементарную одному из триплетов кодирующих данную
аминокислоту. Именно с присоединения определённой аминокислоты к строго
определённым тРНК ферментом аминоацил-тРНК-синтетазой начинается
декодирование триплетного кода. Известно, что тРНК имеет вторичную
структуру клеверного листа, которая в 3D складывается в L подобную
структуру. Цель данной работы уточнить вторичную структуру тРНК к лизину
Bos Taurus , а также сделить некоторые предположения о взаимодействиях
поддерживающих её структуру.
Результаты:
С помощью программы find_pair были выявлены комплементарные участки в
структуре тРНК. На основании этих данных была построена схема вторичной
структуры этой молекулы.
[pic]
б) Таблица контактов, отвечающих за стабильность L-образной
пространственной структуру тРНК:
|Псевдоузлы |Основания |
|1 |15 - 47 |
|2 |18,19 - 55,54 |
|Неканонические |Основания |
|пары | |
|1 |6-67 |
|2 |10-25 |
|3 |14-21 |
|4 |26-44 |
|5 |27-43 |
|6 |31-39 |
|7 |32-38 |
|8 |48-65 |
|9 |49-64 |
|10 |50-63 |
|11 |53-58 |
|Неспиральный |Основания |
|стэкинг | |
|1 |73,74 |












































в) Наилучшая из структур полученная методом Зукера.
[pic]





Обсуждение
Видимо, хотя и нельзя сказать наверняка, основную роль в поддержании
трёхмерной структуры играют комплементарные взаимодействия между
петлями.
При попытки предсказать вторичную структуру тРНК с помощью метода
Зукера, было получено 6 вариантов возможной укладки,Наилучший из них
представлен ниже. Это еднственный из полученных вариантов укладки,
соответствующий структуре клеверного листа, однако он во многом
отличается от того что можно в реальности наблюдать.
Подобное несоответствие по видимому вызвано большим количеством
неканонических взаимодействий в структуре, не сводящихся к простой
комплиментарности. Кроме того, т.к. программе неизвестна природа
нестандартных нуклеотидов (все они обозначены единым символом Х), то и
они оказываются спаренными, практически в равной мере, как и остальные
нуклеотиды. Данной программой, также, невозможно предсказать наличие
псевдоузлов.


Сопроводительные материалы. В файле 1fir.spt содержится скрипт для
Rasmol, позволяющий визуализировать основные элементы структуры тРНК
из PDB записи 1fir. В файле colorfull.pdb содержится трёхмерная
структура этой же тРНК с выделенными спиральными элементами структуры
и антикодоном (рекоменд. spdbv.exe)

Материалы и методы

3D структура tRNA извлечена и записи 1fir Protein Data Bank.
Комплементарность пар определена программой find_peir пакета 3DNA.




Благодарности. Благодарю Ms. Word за ценные советы и
исправление орфографических ошибок в тексте.
Коляна Локтева, Маргошу Ращупкину (Меер), Тёмыча Мудрика и Машу Сурис
за подбор используемой литературы.
Господа за то, что я это закончил.











Литература


1. О.О.Фаворова, 1998. Строение транспортных РНК и их функция на первом
(предрибосомальном) этапе биосинтеза белков. Соросовский
образовательный журнал, ?11, 71-77
(http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9811_071.pdf)
2. Р. Мари, Д. Греннер, П. Мейес, В. Родуэлл, 1993. Биохимия человека. 61-
62.
3. Я. Кольман, К.-Г. Рём, 2000. Наглядная биохимия, 88-89.