Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~manya/term3/practice4.html
Дата изменения: Sat Sep 30 18:54:35 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:46:20 2012 Кодировка: Windows-1251 Поисковые слова: ccd |
![]() |
Поиск сходных нуклеотидных последовательностей, не кодирующих белки |
Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка DKGA_ECOLI | P(Пролин) |
Соответствующий кодон в гене dkgA | 5'-CCA-3' |
Идеальный антикодон | 5'-UGG-3' |
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка P, если опираться на генетический код? | 4 |
Сколько разных тРНК для остатка P аннотировано в геноме кишечной палочки? | 3 |
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | |
имя гена | proM |
локализация гена в геноме | 3980758..3980834 |
распознаваемый кодон | CCD(т.е. 3 кодона CCA(как в моем белке), CCG,CCT) |
антикодон | UGG |
Результат поиска всех пролиновых
тРНК у Escherichia coli K-12 51786:FT /note="codons recognized: CCY; anticodon: GGG proline 83553:FT /note="codon recognized: CCG; proline tRNA1; go_component: 89821:FT /note="codons recognized: CCD; anticodon: UGG proline |
grep -n "codon.*proline" ecoli.embl>res.txt
seqret -sask
Программа | FASTA | BLASTN | MegaBLAST | discontiguous MegaBLAST |
Длина якоря | 6 | 11 | 28 | 11 |
Результаты поиска | здесь | здесь | здесь | здесь |
Число находок с E-value < 0,01 | 1 | 1 | 0 | 1 |
Характеристика лучшей находки: | ||||
E-value | 1.4e-07 | 2e-11 | 1e-11 | |
длина выравнивания | 77 | 72 | 75 | |
вес выравнивания | 43.5 | 63.9 | 63.9 | |
координаты в геноме | 11463-11538 | 3172093-3172164 комплементарная цепь | 166172-166243 | |
Аннотация лучшей находки по записи EMBL: | ||||
имя гена | trnO-Ile | trnB-Pro | trnI-Pro | |
это тРНК? | да | да | да | |
это тоже пролиновая тРНК? | нет, она изолейциновая | да | да |
formatdb -i bs_genome.fasta -p F -n bs
blastall -p blastn -i tRNA_proline.fasta -d bs -o resultsearch.txt
megablast -d bs -i tRNA_proline.fasta -o resmegablast.txt -D 2
megablast -d bs -i tRNA_proline.fasta -o resmega.txt -D 2 -W 11 -t 21 -N 1
fasta34