Model

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~ivliev/semester3/trees.html
Дата изменения: Fri Dec 17 14:28:29 2004
Дата индексирования: Tue Oct 2 10:45:07 2012
Кодировка: Windows-1251
Поисковые слова: п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п

Model

Эволюционная модель

Создание сценария "дальнейшей эволюции" гена rplY

Ген rlpY кодирует рибосомный белок L25 E.coli.
Последовательность гена содержит 285 пар нуклеотидов (это соответствует 94 аминокислотным остаткам белка + стоп-кодон).

В качестве отправной точки для работы была использована скобочная структура дерева, описывающего сценарий "дальнейшей эволюции" гена rplY.

Скобочная структура дерева:

( A:100, (B:60, (((C:15,D:15):30, E:45):10, F:55):5):40 );

В данной скобочной структуре расстояния представляют собой число мутаций на 100 п.н.
Для дальнейшей работы их требовалось перевести в число мутаций на полную последовательность гена.

Формула для пересчета:

В общем виде: X = N * (L/100), где N - число мутаций на 100 п.н., L - длина последовательности гена, X - число мутаций на полную последовательность гена. Конкретно для данного гена: X = N * (285/100) = N * 2,85

С помощью автофигур редактора Word создано изображение дерева, соответствующего заданной структуре. Названы все узлы дерева, указаны расстояния (как число мутаций).

Цифры указывают число мутаций на последовательность гена.
Желтые кружки - предполагаемые последовательности генов, предковые для воображаемых
дочерних по отношению к rplY генов.
Зеленые кружки - воображаемые дочерние по отношению к rplY гены.
Узел '0' - последовательность гена rplY.

С помощью программы msbar пакета EMBOSS получены последовательности,
соответствующие всем вершинам и внутренним узлам дерева.
Для уменьшения объема ручного труда и вероятности сделать допустить ошибку составлен скрипт - текстовый файл, строки которого представляет собой команды UNIX.

Составленный скрипт:

msbar p0.fasta A.fasta -point 4 -count 285 -auto msbar p0.fasta p1.fasta -point 4 -count 114 -auto msbar p1.fasta B.fasta -point 4 -count 171 -auto msbar p1.fasta p2.fasta -point 4 -count 13 -auto msbar p2.fasta F.fasta -point 4 -count 157 -auto msbar p2.fasta p3.fasta -point 4 -count 29 -auto msbar p3.fasta E.fasta -point 4 -count 129 -auto msbar p3.fasta p4.fasta -point 4 -count 86 -auto msbar p4.fasta C.fasta -point 4 -count 43 -auto msbar p4.fasta D.fasta -point 4 -count 43 -auto

Анализ модели

Главная страница