Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~dragon98/term3/strrna.html
Дата изменения: Mon Nov 13 12:06:40 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:47:54 2012
Кодировка: Windows-1251
Поисковые слова: п п п

strRNA

Структура тРНК

PDB-код:1gts

Структура ТРНК глутаминовой кислоты из ESCHERICHIA COLI.
В файле представлены атомы GLUTAMINYL-TRNA SYNTHETASE(A), одна TRNA(B), одной AMP(AMP) и 129 атомов воды(HOH).

В ТРНК 74 остатка, занумерованных так: [2-16],[18-76]:
G   G   G   G   U   A   U   C   G   C   C   A   A 
G   C   G   G   U   A   A   G   G   C   A   C   C 
G   G   A   U   U   C   U   G   A   U   U   C   C 
G   G   C   A   U   U   C   C   G   A   G   G   U 
U   C   G   A   A   U   C   C   U   C   G   U   A
C   C   C   C   A   G   C   C   A

С помощью программы find_pair проанализировал файл с отделенной ТРНК. Имеется две спирали 13*2 и 14*2 п.н. и оттделная пара(общая). Всего 56 п.н.

GGGGUA U С GCCAAG C G G UAA GGCACCGGAUU CUG AUUCCGGC AUUC CGAGGUU C G A AU CCUCGUACCCC AGCCA

zap
load ONLYRNA.pdb
restrict none
define helix1 2-7,49-55,18,58,61-71:B
define helix2 10-15,37-44,48,8,45,23-33:B
define helix3 19,56:B
select all
backbone 100
select *.P and 2 
label 3'
select *.P and 76
label 5'
select helix1
color blue 
select helix2
color green  
select helix3
color red 
zoom 150
set fontsize 20
set fontstroke 1

Например, внеспиральное стекинг-взаимодействие существует между основаниями С9, А45, А21.
Из файла выданного программой find_pair получается, что например между основаниями: U38-U32, U55-G18(связь между O4' и 06), C44-A26, A13-A45, A14-U8(O1P - O4) -есть водородные связи, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований.
Данное РНК похожа на А-форму т.к. плоскость, в которой лежат основания не перпендикулярна оси спиали.

Программа einverted была запущена даже с порогом 1.
Были найдены двуспиральные участки.

 Score 18: 6/6 (100%) matches, 0 gaps
       1 ggggta 6       
         ||||||
      69 ccccat 64

Результаты непохожи на результаты найденные в 3D структуре. Наверное, все дело в параметрах, с которыми была запущена эта программа (штраф за гэп и т.д.).

Запуская программу mfold и изменяя параметр Р заметил, что с увеличением его прибавляются файлы с числом вариантов вторичной структуры.
Так что я запустил программу с параметром 100 и выбирал в нем картинки. Получилось целых 25 вариантов, где правильным является третий (он выдался бы последним при Р=11).

На главную страницу семестра