Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~contradiction/term4/f1.htm
Дата изменения: Sat Apr 14 12:31:59 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:52:03 2012 Кодировка: Windows-1251 Поисковые слова: integral |
ЧЕТВЕРТЫЙ СЕМЕСТР |
БЛОК 2: ФункцииПартия1 |
Функции генов и их продуктов. Онтологии, GOMus musculus
|
Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
---|---|---|---|
Где? | component | 1 (1 ссылка) | В цитоплазме |
Зачем, для чего? | process | 4 (7 ссылок) | биосинтез лизина через диаминопимелат |
Молекулярный механизм? | function | 2 (5 ссылок) | активность дигидродипиколинат редуктазы |
Специфичность? | function | 2 (5 ссылок) | Катализ следующей реакции: 2,3,4,5-тетрагидродипиколинат + НАДФ+ = 2,3-дигидродипиколинат + НАДФ(H) + H+. |
Быстрая ссылка: http://www.ebi.ac.uk/ego/GSearch?query=P04036&mode=name_syno&ontology=all_ont
В табличке указано 7 процессов и 5 фунцкий, но некоторые встречаются по 2 или 3 раза. Т.е. они имеют одинаковый ID в GO, но разный в InterPro.
быстрая ссылка на ресурс::
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession
В задачу входит оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы
интегральных белков плазматической
мембраны.
Протеом Mus musculus - Результаты поиска в UniProt,
20.03.2007 г.
Количество записей | Запрос | |
Всего | 65068 | (([uniprot-Species:Mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:Mus musculus*]) *** если вместо Species задать Organism name - количество выдаваемых записей не поменяется. |
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 14577 | ((([uniprot-Species:Mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) |
В том числе интегральные белки плазматической мембраны | 380 | (((([uniprot-Species:Mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:Mus musculus*]) & ((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*])
|
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 91 | (((([uniprot-Species:Mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:Mus musculus*]) & ((((((((((((((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 297 | (((([uniprot-Species:Mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]))) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) |
Пробовал вместо GO:0005887 прописывать нечто вроде plasma membrane (All text) - при этом скажем вместо 91 находки оказывалось 27. то есть меньше. Однако, поскольку plasma membrane - это вообще говоря не индефикатор, по моему мнению, полагаться на столь зыбкий параметр не стоит, а стоит больше доверять подаче GO:0005887.
Идентификаторы GO (function, component и process) (идентификаторы GO записаны в поле DBxref_)
есть далеко не у всех, но у весьма большого-таки
количества белков (из 65068 находок), а белков
плазматической мембраны со всеми
идентификаторами среди них описано 380. При этом "хороших"
записей (с кодами только IDA или TAS) 91, а те, у
которых встречается хотя бы один
раз самое хорошее доказательство функции -
297 раз. Из полученных данных
можно сделать вывод о том, что протеом mus
musculus достаточно хорошо описан. И, в то же
время, потенциал по изучению протеома
очень велик.