Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~v.romashchenko/Term_3/practice9.html
Дата изменения: Tue Dec 15 19:04:04 2009 Дата индексирования: Tue Oct 2 14:56:29 2012 Кодировка: Windows-1251 Поисковые слова: m 8 |
Набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода, был полечен с помощью команды:
getorf -sequence d89965.entret -table 11 -find 1 -minsize 30 d89965.orfВ записи CDS приведена открытая рамка, соответствующая открытой рамке, а точнее, той ее части, которая выделена жирным.
>D89965_5 [19 - 432] Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
MVFWLHHVTVTGDDKRCSFIRDCQQCFKFAQHAIGTPVFCQLNGGFDQMALMHFQFTFKQ
FEQRKSIRSTARKARDDFVVVQTADLFHVAFHYGIAQRGLTITSDDHMAVTAYAYYSCHE
LTPWLRIQSTNPVQKYGA
Записи SwissProt P0A7B8 соответствует открытая рамка считывания -
>D89965_13 [375 - 1] (REVERSE SENSE) Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
MTTIVSVRRNGHVVIAGDGQATLGNTVMKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFEL
FERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDRMLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDL
IAIGS
C помощью команды :blastall -p blastn -i trna_ecoli.fasta -d st -o trna_bn -m 8был получен файл содержащий возможные кодирующие последовательности в геноме Salmonella typhimurium.
Командаgrep -с ' ileV' trna_bnсообщила мне о том, что таких последовательностей найдено 8 штук.
Далее, использовава комаду grep , я извлекла название всех найденных последовательностей в файл trna.txt, а потом импортировала информацию в Excel. Таким образом, у меня получился файл trna.xls, в котором представлено так же количество находок для каждой из последовательностей. Это было найдено спомощью специального скрипта .
В данном Excel файле дана информация о количестве находок с помощью программы blastn с E-value, равным 0.001. Соответствуящая команда:blastall -p blastn -i trna_ecoli.fasta -d st -o trna_bln -e 0.001 -m 8
Для поиска некодирующих последовательностей с использованием megablast была сформулирована команда:megablast -i trna_ecoli.fasta -d st -o trna_mega -m 8В упомянутом выше файле trna.xls так же было подсчитано количесво находок с помощью данного скрипта .
При использовании разавного megablast была задана команда :megablast -i trna_ecoli.fasta -d st -o trna_dismega -m 8 -t 16 -W 11 -N 1Количество находок представлено в отчетном Excel файле. Оно получено с помощью данного скрипта .
Для выравнивания я выбрала последовательность hisR и ей гомологичную AE008893 . Полученное с помощью программы needle выравнивание имеет такой вид:Aligned_sequences: 2 1: AE008893 2: hisR Matrix: EDNAFULL Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5 Length: 77 Identity: 20/77 (26.0%) Similarity: 20/77 (26.0%) Gaps: 57/77 (74.0%) Score: 100.0 AE008893 1 ------tatagctcagttggtagagc------------------------ 20 |||||||||||||||||||| hisR 1 ggtggctatagctcagttggtagagccctggattgtgattccagttgtcg 50 AE008893 20 --------------------------- 20 hisR 51 tgggttcgaatcccattagccacccca 77 FT gene 4154730..4154805 FT /gene="hisR" FT /locus_tag="STM14_4730" FT tRNA 4154730..4154805 FT /gene="hisR" FT /locus_tag="STM14_4730" FT /product="tRNA-His"Программа megablast настроена на посик последовательностей, только немного отличающихся друг от друга. Для megablast выравнивание, которое нашел blastn c e-value 3e-04, кажется плохим, и поэтому он его не находит.