Отдел Астрофизики Высоких Энергий появился в Институте Космических Исследований АН СССР начале 80-х годов 20-го века. Отдел является продолжателем традиций научной школы, созданной академиком Я.Б.Зельдовичем. Научным руководителем отдела является академик Р.А.Сюняев.

Академик Р.А.Сюняев также является главным редактором, а д.ф.-м.н. С.А.Гребенев - ответственным секретарем журнала "Письма в астрономический журнал" (Astronomy Letters).

В настоящее время в отделе работают 9 докторов физ.-мат. наук, из них один академик и один член-корр., а также 15 кандидатов физ.-мат. и технических наук.