Построение лицеприятных графиков в matplotlib сопряжено с рядом технических трудностей. Для того, чтобы график был хорошо читаем приходится настраивать большое количество параметров, как то шрифт подписей, толщину линий ошибки, легенду, частоту подписей осей, шаг сетки и многое другое. В данной статье подробно разбирается построение одного графика, на примере которого Вы можете составить свой собственный скрипт.

continue reading.....

Одно из наиболее востребованных применений суперкомпьютеров, особенно актуальное для современных молекулярных биофизиков, это различные методы вычислительной химии. Вычислительная химия («computational chemistry») — это термин, который аккумулирует в себе все компьютерные методы исследования процессов, протекающих на молекулярном уровне. Широкое распространение и развитие эти методы, поскольку все они достаточно затратны, получили только с появлением в мире свободных […]

continue reading.....

Some distributives (gentoo, openSuse, etc.) contains default Pymol љwithout vmd molfile plugins. By the way these plugins are essential because give an ability to open trj, xtc, cube and other different useful file formats. Here is step-by-step instruction to compile pymol-1.4.x on openSuse 12.1 but I suppose it might work on other distributives as well.

continue reading.....

To build topology for the new molecule partial charges for atoms should be determined. Working in OPLS force field big amount of atom types with predefined partial charges allows you to chose atom type for almost every atom of your ?new? compound. But In rest force fields you have no choice except use quantum chemistry […]

continue reading.....

Download script: memgen-0.0.1.tar.gz System requirements: python 2 (2.6 and higher), python openbabel library, python numpy library. If you are looking for topologies and structure files for lipids please read this post. The memgen script makes a bilayer membrane from different phospholipids and other lipid compounds (e.g. cholesterol). Molecules are positioned according to hexagonal packing grid. […]

continue reading.....

В 1967 году Хельмут Шмит в исследовательской лаборатории Boeing поставил ряд экспериментов, посвященных предвидению и психокинезу (анонс). Суть его экспериментальной установки заключалась в следующем: человеку предлагалось мысленно воздействовать на связанную систему электронного генератора случайных чисел (ЭГСЧ) и на процесс радиоактивного распада.љ ЭГСЧ выдавал серию чисел от 1 до 4 с частотой 100 МГц. Счетчик Гейгера […]

continue reading.....

DSPC2: латеральная сжимаемость (гель) — 1.82ћ10-3 дин/см, площадь липида (гель) — 54.7 ?2, POPE1,3: температура фазового перехода — 10-20њC, площадь липида в ж/к фазе — 56.6 ?2, толщина бислоя — 41.8 ?, DPPS4,5,6: площадь на липид (ж/к) — 45-55 А2; температура ф.п — 329K; Список ссылок: Chantal Par? and Michel Lafleur, Polymorphism of POPE/Cholesterol System: […]

continue reading.....