Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94

Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94
Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Кондакова О.А., Лущекина С.В., Сулимов В.Б.

Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.

Григорьев Ф.В., Романов А.Н., Кондакова О.А., Сулимов В.Б. - Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет им. М.,В.Ломоносова, 119992, Москва; e-mail: fedor.grigoriev@gmai.com, Alexey.Romanov@list.ru, olga.kondakova@srcc.msu.ru, vladimir.sulimov@gmail.com
Лущекина С.В. - Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича, ул. Погодинская, 10, 119121, Москва; e-mail: sofia.luschekina@gmail.com