Формирование программы полета станции путем сочетания основных экспедиций, обеспечивающих постоянное присутствие экипажа на борту, с более короткими экспедициями посещения позволило оперативно планировать программы исследований в зависимости от уточняемых приоритетов решаемых задач и готовности аппаратуры. Именно благодаря этому удалось по требованию заказчиков и постановщиков экспериментов оперативно изменять направления исследований и уже в ходе полета станции расширять их, учитывая интересы других научных организаций и государств.
В течение всего периода эксплуатации станции реализация экспериментов проводилась в соответствии с долгосрочными программами научно-прикладных исследований, утвержденными директивными органами.
В 2000 году эксперименты проводились в соответствии с "Соглашением ..." между РКК "Энергия" и компанией "MirCorp" об аренде ресурсов ОК "Мир". Финансирование полета двадцать восьмой основной экспедиции осуществлялось на коммерческой основе.
В связи с отсутствием финансирования на продолжение пилотируемого полета с середины июня 2000 года ОК "Мир" был переведен в режим автономного полета.
Разработка и согласование последней Федеральной программы научно-прикладных исследований, планируемых на орбитальном комплексе "Мир" в период 1997 - 1999 г.г. проходила в тесном взаимодействии с Координационным научно-техническим советом, который был создан в 1994 году совместным решением РКА и РАН.
В состав КНТС РКА и РАН вошли 10 секций, возглавляемых ведущими российскими учеными и руководителями головных научных организаций.