27 января 2014 года назначение в экипаж Алексея Овчинина и Олега Скрипочки было подтверждено на заседании Межведомственной комиссии (МВК) Роскосмоса.
30 января 2014 года Алексей Овчинин, Олег Скрипочка и Джеффри Уилльямс принимали участие в тренировках по действиям в случае аварийной посадки в лесисто-болотистой местности зимой.
11 февраля 2014 года назначение Джеффри Уилльямса в экипаж МКС-47/48 было подтвержнено в пресс-релизе НАСА ?14-048.
23 марта 2015 года. Первый модернизированный российский космический корабль 'Союз-МС' может отправиться к Международной станции 18 марта 2016 года, сообщил ТАСС со ссылкой на источник в ракетно-космической отрасли.
6 ноября 2015 года. Официально объявлено, что в связи с переносом с ноября на декабрь запуска первого грузового корабля нового поколения 'Прогресс МС' изменился план полетов российских космических кораблей к МКС в первой половине 2016 года. Поскольку перед стартом первого пилотируемого корабля новой серии 'Союз-МС' в целях безопасности должно состояться два пуска грузовых кораблей серии 'Прогресс МС' 19 марта 2016 года вместо 'Союз-МС' к МКС полетит 'Союз ТМА-20М' , планировавшийся на 20 мая 2016 года.
9 февраля 2016 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А.Гагарина состоялось заседание Главной медицинской комиссии, которая проанализировала данные медицинских обследований космонавтов основного и дублирующего экипажей 47/48-й длительной экспедиции на МКС за период предполетной подготовки. В состав ГМК вошли представители Министерства здравоохранения РФ, Федерального медико-биологического агентства, Института медико-биологических проблем, а также специалисты медицинского управления ЦПК. По результатам заседания комиссии космонавты Алексей Овчинин, Олег Скрипочка, Сергей Рыжиков и Андрей Борисенко были признаны годными к космическому полету по состоянию здоровья.
24 февраля 2016 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина основной и дублирующий экипажи 47/48-й длительной экспедиции на МКС приступили к завершению предполетного этапа подготовки в ЦПК - комплексным экзаменационным тренировкам (КЭТ). Первыми комплексную зачетную тренировку на тренажере ТПК 'Союз ТМА-М' (ТДК-7СТ) начал дублирующий экипаж экспедиции: Сергей Рыжиков, Андрей Борисенко, Роберт Кимброу. После этого основной экипаж: Алексей Овчинин, Олег Скрипочка и Джеффри Уилльямс, приступил к экзаменационной тренировке на российском сегменте МКС (КТ РС МКС).
25 февраля 2016 года. В Центре подготовки космонавтов основной и дублирующий экипажи МКС-47/48 завершили комплексные экзаменационные тренировки. Основной экипаж в составе Алексея Овчинина, Олега Скрипочки и Джеффри Уилльямса сдал экзамен на тренажере ТПК 'Союз ТМА-М'. Дублирующий экипаж - Сергей Рыжиков, Андрей Борисенко, Роберт Кимброу - выполнял программу рабочего дня на борту российского сегмента (РС) МКС.
3 марта 2016 года. На космодром Байконур прибыли основной (Алексей Овчинин, Олег Скрипочка и Джеффри Уилльямс) бортом RF-65150 и дублирующий (Сергей Рыжиков, Андрей Борисенко, Роберт Кимброу) бортом RF-65152 экипажи ТПК 'Союз ТМА-20М'.
4 марта 2016 года. На космодроме Байконур члены основного и дублирующего экипажей ТПК 'Союз ТМА-20М' приступили к заключительным тренировкам. Члены основного экипажа Алексей Овчинин и Олег Скрипочка и Джеффри Уилльямс провели примерку скафандров 'Сокол-КВ' и после теста их на герметичность заняли места в своем корабле. Экипаж проверил систему радиосвязи, лазерный дальномер, ознакомился с бортовой документацией, изучил программу полета и список запланированных к доставке на МКС грузов.
В этот же день состоялось заседание Технического руководства, на котором принято решение о заправке корабля 'Союз ТМА-20М' компонентами ракетного топлива и сжатыми газами.
9 марта 2016 года. В монтажно-испытательном корпусе космических аппаратов (МИК КА) на космодроме Байконур специалисты РКК 'Энергия' успешно завершили технологические операции по стыковке ТПК 'Союз ТМА-20М' с переходным отсеком. Ранее корабль был заправлен компонентами топлива и сжатыми газами.
11 марта 2016 года. В МИК КА на космодроме Байконур специалисты РКК 'Энергия' провели авторский осмотр ТПК 'Союз ТМА-20М' и выполнили технологические операции по накатке головного обтекателя ракеты-носителя.
14 марта 2016 года. В монтажно-испытательном корпусе основной и дублирующий экипажи ТПК 'Союз ТМА-20М' провели контрольный осмотр корабля в стартовой конфигурации.
В этот же день головной блок ракеты-носителя 'Союз-ФГ' с космическим кораблем 'Союз ТМА-20М' перевезен из монтажно-испытательного корпуса (МИК) космических аппаратов в МИК ракет-носителей на общую сборку.
15 марта 2016 года. В МИК ракет-носителей успешно завершена общая сборка ракетно-космического комплекса, в течение дня головной блок с кораблем был пристыкован к третьей ступени ракеты-носителя. Представители технического руководства и государственной комиссии на космодроме Байконур выдали заключение о готовности ракетно-космического комплекса в составе ТПК 'Союз ТМА-20М' и ракеты-носителя 'Союз-ФГ' к вывозу и установке на стартовой площадке.
16 марта 2016 года. Ракета-носитель 'Союз-ФГ' с ТПК 'Союз ТМА-20М' успешно вывезена из монтажно-испытательного корпуса и транспортирована на стартовый комплекс площадки ? 1 'Гагаринский старт' космодрома Байконур.
Работы по установке ракеты в вертикальное положение были временно отложены в связи с неблагоприятными метеоусловиями (шквалистым ветром).
Около 16 часов дня в связи с улучшением метеорологической обстановки на космодроме совещанием технического руководства было принято решение о возобновлении процедуры установки ракеты космического назначения 'Союз-ФГ' на стартовой площадке с 18:00 мск. Дальнейшие работы по подготовке пуска ракеты-носителя 'Союз-ФГ' с транспортным пилотируемым кораблем 'Союз ТМА-20М' будут проводиться в порядке очередности пускового графика.
17 марта 2016 года. По итогам заседания Государственной комиссии, состоявшегося на 17-й площадке Центра подготовки космонавтов на Байконуре, были утверждены основной и дублирующий экипажи ТПК 'Союз ТМА-20М'.
Основной экипаж МКС-47/48 был утвержден в следующем составе:
Алексей Овчинин
Олег Скрипочка
Джеффри Уилльямс
В составе дублирующего экипажа были утверждены:
Сергей Рыжиков
Андрей Борисенко
Роберт Кимброу
19 марта 2016 года. В 00:26:38.355 мск (18 марта в 21:26:38.355 UTC) с ПУ ?5 площадки ?1 космодрома Байконур стартовыми расчетами ГК 'Роскосмос' осуществлен пуск ракеты-носителя 'Союз-ФГ' (11А511У-ФГ) с пилотируемым космическим кораблем 'Союз ТМА-20М'. В 00:35:27 мск (18 марта в 21:35:27 UTC) космический корабль 'Союз ТМА-20М' отделился от последней ступени носителя и вышел на околоземную орбиту.
19 марта 2016 года в 06:09:58 мск (03:09:58 UTC) корабль 'Союз ТМА-20М' пристыковался к малому исследовательскому модулю 'Поиск' российского сегмента МКС.