Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/year_02/science_1/themes_2004f/Koroleva.doc
Дата изменения: Thu Dec 16 22:39:00 2004
Дата индексирования: Fri Dec 21 21:52:47 2007
Кодировка: koi8-r

Поисковые слова: флуоресценция

Задачи для курсовых работ студентов Факультета биоинженерии и
биоинформатики.

Предполагаемые "тьюторы"
в.н.с., канд.хим.наук - Друца Валерий Львович,
с.н.с., канд.хим.наук - Королева Ольга Николаевна
Координаты: комн. 313 (корпус "А"), тел. 939-43-56, drutsa@genebee.msu.su
koroleva@genebee.msu.su
Удобное для разговора время - 14-22оо

Курсовые работы для I курса




Обоснование

Транскрипция (катализируемое ферментом РНК-полимеразой копирование
РНК на матрице ДНК) - один из ключевых процессов, протекающих в живой
клетке. Первый этап этого процесса - узнавание РНК-полимеразой сигналов
инициации транскрипции (промоторов) - участков ДНК, непосредственно
предшествующих структурным генам. Изучение структурных особенностей
промоторов, а также белковых субъединиц, входящих в состав РНК-полимераз,
позволит понять молекулярные механизмы взаимодействия макромолекул на
стадии инициации транскрипции. В рамках этой проблемы и предполагается
выполнение нижеследующих задач.

Задача ? 1

1. Исследование структурной вариабельности неконсервативных областей
прокариотических промоторов (спейсера, а также области между точкой
инициации транскрипции и -10-м элементом). Анализ данных литературы по
промоторным мутациям. Поиск консенсусов в указанных участках для
определенных промоторных групп.

Курсовые работы для студентов II курса.

Предполагаемые "тьюторы"
в.н.с., канд.хим.наук - Друца Валерий Львович,
с.н.с., канд.хим.наук - Королева Ольга Николаевна
Координаты: комн. 313 (корпус "А"), тел. 939-43-56, drutsa@genebee.msu.su
koroleva@genebee.msu.su
Удобное для разговора время - 14-22оо

Задача ? 1.
1. Исследование структуры и функции сигма-70 субъединицы РНК-полимеразы
E.coli.

Обоснование

Транскрипция (катализируемое ферментом РНК-полимеразой копирование
РНК на матрице ДНК) - один из ключевых процессов, протекающих в живой
клетке. Первый этап этого процесса - узнавание РНК-полимеразой сигналов
инициации транскрипции (промоторов)- участков ДНК, непосредственно
предшествующих структурным генам. Изучение структурных особенностей
промоторов, а также белковых субъединиц (входящих в состав РНК-полимераз)
позволит понять молекулярные механизмы взаимодействия макромолекул на
стадии инициации транскрипции. В рамках этой проблемы и предполагается
выполнение нижеследующих задач.

Цель работы. Составление базы данных известных в настоящее время мутаций
в гене субъединицы сигма-70 РНК-полимеразы E.coli (данные литературы).
Анализ влияния аминокислотных замен на функцию белка. Сравнительный анализ
особенностей первичной структуры сигма-субъединиц (семейства сигма-70) из
различных бактерий с целью выявления функционально значимых участков: поиск
определенных мотивов, частота встречаемости и распределение в структуре
аминокислотных остатков и др. Выбор участков для проведения сайт-
специфического мутагенеза. Возможно участие в экспериментах по мутагенезу
гена rpoD, кодирующего сигма-70 субъединицу РНК-полимеразы, и получению
мутантных белков.

Задача ? 2.
Цель работы. Составление базы данных известных в настоящее время мутаций в
гене омега-субъединицы РНК-полимеразы E.coli (данные литературы). Анализ
влияния аминокислотных замен на функцию белка. Сравнительный анализ
особенностей первичной структуры омега-субъединиц и их аналогов из
различных бактерий с целью выявления функционально значимых участков: поиск
определенных мотивов, частота встречаемости и распределение в структуре
аминокислотных остатков и др. Выбор участков для проведения сайт-
специфического мутагенеза. Возможно участие в экспериментах по клонированию
гена омега-убъединицы в различных экспрессионных векторах.

Задача ? 3

Обоснование. В природе найдены белки, способные флуоресцировать. Они
широко используются в настоящее время в качестве маркеров для изучения in
vivo функции других интересующих исследователей белков, к которым этот
маркер присоединяется. Для понимания механизма возникновения флуоресценции
и с целью исследования возможности совершенствования подобного рода систем,
необходимо провести сравнительный анализ структуры известных в настоящее
время флуоресцентных белков.
Цель работы. Создание базы данных флуоресцентных белков. Сравнительный
анализ структуры (поиск гомологичных участков, обнаружение консенсусов).
Выявление участков для проведения направленного мутагенеза.


Задачи для III курса.

Задача ? 1
1. Исследование взаимного влияния близко расположенных промоторов.
а) Теоретический этап. Составление базы данных нуклеотидных
последовательностей близко расположенных сигналов инициации транскрипции
(промоторов) для прокариотических РНК-полимераз. Классификация: по
взаимной ориентации (дивергентные, конвергентные, тандемные), по типу
регуляции, расстоянию между точками инициации транскрипции и степени
перекрывания. Выявление структурных особенностей отдельных групп: поиск
гомологии, элементов симметрии и повторов, статистический анализ. В
процессе работы предполагается использование данных GenBank, а также
программ по анализу НК. Подобного рода систематизация и анализ
«группирующихся» промоторов ранее не проводились, и полученные результаты
позволят выяснить взаимное влияние близко расположенных сигналов инициации
транскрипции.
б) Экспериментальный этап. Получение и исследование свойств искусственных
конструкций, содержащих различные комбинации промоторов, в системах с РНК-
полимеразой E.coli. В процессе работы предполагается освоение различных
генно-инженерных приемов и методов работы с нуклеиновыми кислотами, белками
и нуклеиново-белковыми комплексами.