Главная
Новости
Полезные ссылки
Контакты
Обо мне
Мои работы
|
Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO
Обязательные задания
- Поиск нужного термина в словарях GO
Задание выполнялось с помощью главного сайта консорциума GO (http://www.geneontology.org).
- заданное описание локализации:
Chloroplast
- выбранный термин GO и его идентификатор:
chloroplast, GO:0009507
- название онтологии GO и его перевод на русский:
cellular component (Клеточный компонент)
- определение термина (в переводе на русский):
Укрепленная в строме хлорофилл-содержащая пластида с тилакоидами, образующими граны и FRET (Резонансный перенос энергии флуоресценции), или со строматическими тилакоидами.
- Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO
Мною получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека TBRG4_HUMAN. В поле DR я нашел и проанализировал строки, посвященные терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным в таблице описана функция заданного белка:
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество ассоциированных терминов GO |
Краткий ответ на вопрос |
| Где? |
C |
1 |
Митохондрия |
| Зачем, для чего? |
P |
4 |
Апоптоз, регуляция фазы G1 митотического цикла клеток, позитивная регуляция размножения клеток |
| Молекулярный механизм? |
F |
1 |
Протеинкиназная активность |
| Специфичность? |
F |
2 |
АТФ-связывание, связывание с белками |
- Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)
Отчет представить в виде таблицы нижеследующего вида (HTML-формат)
и краткого комментария (1–2 фразы).
Протеом Nicotiana tabacum. Результаты поиска в UniProt, 29.03.2009 г.
| |
Количество записей |
Запрос |
| Всего из данного организма |
433 |
([swissprot-Species:Nicotiana*] & [swissprot-Species:tabacum*]) |
| С идентификаторами всех трех онтологий GO |
259 |
(([swissprot-Species:Nicotiana*] & [swissprot-Species:tabacum*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) |
| В том числе в хлоропласте |
128 |
((([swissprot-Species:Nicotiana*] & [swissprot-Species:tabacum*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:GO:0009507*])) |
| В том числе те, у которых встречается
хотя бы один раз
самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) |
3 |
((([swissprot-Species:Nicotiana*] & [swissprot-Species:tabacum*]) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:F:*]) & [swissprot-DBxref_:C:*]) & [swissprot-DBxref_:P:*])) & ((([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:EXP*]) | ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:IDA*])) | ([swissprot-DBxref_:GO*] & [swissprot-DBxref_:TAS*]))) |
| В том числе только
с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) |
0 |
Вручную посмотрел три записи из предыдущей выдачи |
Из таблицы видно, что среди записей с идентификаторами всех трех онтологий GO половину составляют белки, локализованные в хлоропласте. Кроме того, записи с хотя бы одним самым хорошим доказательством функции встречаются редко - их найдено всего три.
|