Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t2_files/conserv.html
Дата изменения: Fri May 13 15:11:00 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:37:31 2012
Кодировка: Windows-1251

Поисковые слова: цинк
Консервативность аминокислотных остатков в зоне контакта с функциональным лигандом
На главную страницу семестра

Консервативные аминокислотные остатки в выборке 4 потенциальных ортологов белка CAN_ECOLI

Матрица попарного сходства последовательностей выборки

               CAH2_FLALI  CAH2_ARATH  CAN_ECOLI  CAN_HAEIN 
  CAH2_FLALI      100%
  CAH2_ARATH       53%      100%
   CAN_ECOLI       19%       15%         100%
   CAN_HAEIN       20%       16%          58%         100%



Выравнивание 4 потенциальных ортологов белка CAN_ECOLI.
Консервативные участки связывания лиганда выделены синей рамкой и красным шрифтом.


Наблюдения и Выводы
      Область контакта белка с лигандом (цинком) полностью консервативна (аминокислотные остатки ala67, cys42, his98, asp44, gly102, cys101, gly103). Это можно объяснить несколькими факторами:
      1) Возможно, все дело в малой выборке (известно только 4 ортологичных друг другу белка).
      2) Потенциально контактирующих с цинком аминокислотных остатков немного - только 7, и из них два глицина и один аланин, которые, скорее всего, мало влияют на взаимодействие лиганда с белком.
      3) Скорее всего, это связано с важной функцией белка, катализирующего постоянно протекающую в организмах реакцию дегидратации угольной кислоты, в чем участвует и цинк.



Область взаимодействия лиганда (атома цинка), с белком CAN_ECOLI.
Большой коричневый шарик — атом цинка, аминокислотные остатки вкруг него — консервативные контактирующие с ним.


На главную страницу семестра


© Закирзянова Виоланта, 2005