Работа с MEME / MAST

• Мотивы из MEME.

  Последовательность	Наличие мотивов в последовательностях	Мотив 1			Мотив 2			Мотив 3
  		Координаты	Отн. энтропия	P-value	Координаты	Отн. энтропия	P-value	Координаты	Отн. энтропия	P-value
  NAMA_BACSU	1, 2 и 3	166-206	1.2e-044	4.88e-42	291-339	3.2e-020	3.59e-39	77-109	3.2e-017	8.98e-31
  BAICD_EUBSP		157-207		7.70e-45	292-340		1.48e-45	76-108		3.21e-31
  NADO_THEBR		172-212		3.24e-41	304-352		1.75e-45	79-111		5.86e-29
  FADH_ECOLI		166-206		2.72e-39	295-343		3.70e-42	76-108		5.56e-29
  STCD_RHIME		169-209		3.09e-39	305-353		7.78e-41	77-109		1.82e-30

  Мотив 1:
  
  Мотив 2:
  
  Мотив 3:
  
  Файл GeneDoc, содержащий выравнивание последовательностей с выраженными мотивами: colored.msf.

• Сравнение с результатом работы MAST.
  Во всех последовательностях , принявших участие в исследовании, были найдены мотивы 1 и 3, их координаты соответствуют данным из MEME,
  однако мотив 2 нигде не был опознан. Видимо, программа сочла "улетевший" в гэпы участок в последовательности NAMA_BACSU, а также невысокую плотность схожих столбцов достаточным для игнорирования мотива.

Продукт работы MEME.
Продукт работы MAST.

---

©Турал Я.Я.